[发明专利]从二代测序数据挖掘植物ITSs序列并用于鉴别品种家系

权利要求书

1.组装蔷薇科样本ITSs序列的方法，所述方法包含以下步骤

1）制备待测样本的总DNA的二代测序文库；

2）将所述二代测序文库进行测序，得到测序数据；

3）将所述测序数据分别进行ITS1、ITS2序列拼接和注释，所述ITS1、ITS2序列拼接和注释包括：以任一蔷薇科品种的核糖体DNA为rDNA参考序列，将所述测序数据回贴到所述rDNA参考序列上富集ITS1和ITS2区的读序，标记每一个多样性位点的覆盖度和碱基组成；利用富集到的读序进行从头组装，选择保留变异信息，得到重叠群，然后将得到的重叠群重新回贴到rDNA参考序列，查找ITS1和ITS2区的重叠群，依据读序回贴标记的所述多样性位点的信息提取出重叠群，作为可靠的ITS1和ITS2序列。

2.如权利要求1所述的方法，其特征是，提取出的所述重叠群的覆盖度≥5%。

3.如权利要求1所述的方法，其特征是，步骤2)所述测序的单条读序的读长≥100碱基。

4.如权利要求1所述的方法，其特征是，步骤2)所述测序的单条读序的读长≥150碱基。

5.如权利要求4所述的方法，其特征是，步骤2)所得测序数据为浅层测序数据。

6.如权利要求5所述的方法，其特征是，所述浅层测序数据的数据量≥1Gb。

7.如权利要求5所述的方法，其特征是，所述浅层测序数据的数据量≥2Gb。

8.任一在先权利要求所述方法在鉴别蔷薇属样本家系中的应用，该应用包括：

0）根据在先权利要求所述方法组装出至少一种蔷薇属植物的ITSs序列，汇总该ITSs序列信息及所属物种的叶绿体基因组序列，得到蔷薇属样本指纹库；

1）根据在先权利要求所述方法组装出待鉴别样本X的ITSs序列，并获得该样本X的叶绿体基因组序列；

2）进行样本X与所述指纹库物种的叶绿体基因组、ITS1、ITS2序列比对，以鉴别样本X与该指纹库中物种的家系关系。

9.如权利要求8所述的应用，其特征是，步骤2)鉴别家系关系的操作中，当样本X与所述指纹库中第1种和第2种蔷薇属植物进行所述序列比对的结果均为序列不一致时，步骤2)还包括进化树构建及家系关系推测。