[发明专利]一种低质量FFPE DNA的处理方法、装置和存储介质有效
| 申请号： | 201911019643.X | 申请日： | 2019-10-24 |
| 公开（公告）号： | CN110669830B | 公开（公告）日： | 2023-05-23 |
| 发明（设计）人： | 李艳;朱嘉麒;罗喜鹏;陈超;聂新华 | 申请（专利权）人： | 裕策医疗器械江苏有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6858 | 分类号： | C12Q1/6858;C12M1/00;C12M1/34 |
| 代理公司： | 深圳鼎合诚知识产权代理有限公司 44281 | 代理人： | 李小焦;彭愿洁 |
| 地址： | 225300 江苏省泰州市泰州医药高*** | 国省代码： | 江苏;32 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本申请公开了一种低质量FFPE DNA的处理方法、装置和存储介质。本申请的处理方法包括，对FFPE DNA进行片段化处理，然后加热去除二级结构，再酶切消化；消化后末端修复、加poly A尾，并使用A碱基连接头；然后，进行PCR扩增，杂交捕获、测序，获得测序数据；将测序数据比对到人参考基因组，并从比对结果中过滤掉同时部分比对到同一染色体两个不同地方，且比对起始位置距离小于500bp的序列。本申请的方法，通过加热和酶切消化，消除大部分单链，使其不能相互连接后在末端补平中形成稳定双链，减少了因单链残留造成后续突变检测的假阳性；通过数据比对和过滤，进一步去除单链干扰，提高了突变检测结果的准确性。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 质量 ffpe dna 处理 方法 装置 存储 介质 | ||
【主权项】：
1.一种低质量FFPE DNA的处理方法，其特征在于：包括以下步骤，/n片段化处理步骤，包括对提取的FFPE DNA进行片段化处理，获得片段化的DNA样本；/n加热和消化处理步骤，包括对片段化的DNA样本进行加热，去除DNA的二级结构，然后再进行酶切消化；/n末端修复和加接头步骤，包括对所述加热和消化处理步骤的产物进行末端修复，并加polyA尾，然后使用添加的A碱基连接接头；/n文库构建步骤，包括对所述末端修复和加接头步骤的产物进行PCR扩增；/n测序步骤，包括对所述文库构建步骤的产物进行杂交捕获，并对杂交捕获产物进行高通量测序，获得测序数据；/n数据比对步骤，包括将所述测序数据比对到人参考基因组上，获得比对结果；/n序列信息过滤步骤，包括从所述比对结果中去掉同时部分比对到同一染色体两个不同地方，且比对起始位置距离小于500bp的序列。/n
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于裕策医疗器械江苏有限公司，未经裕策医疗器械江苏有限公司许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201911019643.X/，转载请声明来源钻瓜专利网。
