[发明专利]一种低质量FFPE DNA的处理方法、装置和存储介质

权利要求书

1.一种低质量FFPE DNA的处理方法，其特征在于：包括以下步骤，

片段化处理步骤，包括对提取的FFPE DNA进行片段化处理，获得片段化的DNA样本；

加热和消化处理步骤，包括对片段化的DNA样本进行加热，去除DNA的二级结构，然后再进行酶切消化；

末端修复和加接头步骤，包括对所述加热和消化处理步骤的产物进行末端修复，并加A尾，然后使用添加的A碱基连接接头；

文库构建步骤，包括对所述末端修复和加接头步骤的产物进行PCR扩增；

测序步骤，包括对所述文库构建步骤的产物进行杂交捕获，并对杂交捕获产物进行高通量测序，获得测序数据；

数据比对步骤，包括将所述测序数据比对到人参考基因组上，获得比对结果；

序列信息过滤步骤，包括从所述比对结果中去掉同时部分比对到同一染色体两个不同地方，且比对起始位置距离小于500bp的序列；即同一序列中一部分比对上参考基因组，另一部分未比对上同一基因组区段；

所述加热和消化处理步骤中，对片段化的DNA样本进行加热，具体包括在65℃保温至少5min，然后置于冰上至少3min；酶切消化采用的酶为DNA单链水解酶；所述DNA单链水解酶为核酸内切酶、核酸外切酶和聚合酶中的至少一种；所述聚合酶具有外切酶活性。

2.根据权利要求1所述的处理方法，其特征在于：还包括核酸提取步骤；

所述核酸提取步骤，包括提取FFPE样本的核酸，获得FFPE DNA，用于所述片段化处理步骤。

3.根据权利要求1所述的处理方法，其特征在于：所述片段化处理步骤，具体采用超声打断，获得片段化的DNA样本。

4.根据权利要求1所述的处理方法，其特征在于：所述酶切消化采用的酶为核酸内切酶和/或核酸外切酶，酶切消化条件为在酶的反应温度下保温至少1min，然后65～90℃保温至少1min，酶切消化完成后进行纯化，获得用于后续试验的酶切消化产物。

5.根据权利要求1所述的处理方法，其特征在于：所述酶切消化采用的酶为聚合酶，酶切消化条件为在酶的反应温度下保温至少1min，直接获得用于后续试验的酶切消化产物。

6.根据权利要求1-5任一项所述的处理方法，其特征在于：所述核酸内切酶为S1nuclease和Nuclease P1中的至少一种；所述核酸外切酶为Exonuclease I、ExonucleaseVII和Exonuclease T中的至少一种；所述聚合酶为T4 DNA polymerase、T7 DNAPolymerase和Klenow fragment中的至少一种。