[发明专利]一种血液ctDNA的微卫星不稳定性检测方法

摘要

本发明公开了一种血液ctDNA的微卫星不稳定性的检测方法。本发明方法是包括对包含ctDNA的cfDNA进行探针捕获，根据获得的目标产物建立测序文库和上机测序；对下机数据进行拆分、质控、过滤和比对；然后通过perl程序对微卫星位点序列提取，并和正常的微卫星序列进行对比，检测微卫星位点的突变情况并记录其突变类型，最后根据统计各个微卫星位点的稳定性评估样本的整体的微卫星稳定性状态。本发明不仅能有效准确的检测出样本的微卫星不稳定性的状态，还能检测微卫星不稳定位点的突变情况。本发明方法相比传统PCR检测方法更快速和方便，成本更低，检测更全面。

主权项

1.一种血液ctDNA的微卫星不稳定性的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)提取包含ctDNA的cfDNA后，进行探针捕获，对获得的目标产物建立测序文库，然后对文库中的序列上机测序，测序读长为150bp；(2)下机拆分步骤(1)获得的测序数据，并对拆分的数据进行质控和过滤，将数据和人类参考基因组进行比对，获取比对数据后建立比对数据的索引和去除重复序列；(3)从步骤(2)的比对结果中提取包含微卫星位点的测序序列，并对所述序列进行分类计数，获得每种测序序列的置信值，抛弃低置信值的序列，将合格的所述序列与正常的微卫星位点序列进行比对；(4)通过步骤(3)的比对结果获得该位点的微卫星不稳定性和突变情况，通过微卫星不稳定性位点的数目和检测出微卫星位点的总数的比例确定样本微卫星序列的稳定性。