[发明专利]一种Small-RNA高通量测序技术检测甜樱桃病毒的方法在审
| 申请号： | 201811449289.X | 申请日： | 2018-11-29 |
| 公开（公告）号： | CN109457048A | 公开（公告）日： | 2019-03-12 |
| 发明（设计）人： | 朱东姿;王甲威;刘庆忠;陈新;魏海蓉;宗晓娟;徐丽;谭钺;张力思;洪坡 | 申请（专利权）人： | 山东省果树研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/70 | 分类号： | C12Q1/70;C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 济南泉城专利商标事务所 37218 | 代理人： | 孔娟 |
| 地址： | 271000*** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | 本发明属于果树病毒检测技术领域，具体涉及一种Small‑RNA高通量测序技术快速准确诊断甜樱桃病毒的方法。采用以下步骤：从NCBI搜索所有植物病毒序列信息，以E‑value≤1e‑50为标准，得到初选序列库，去除同源性≥97%的序列即为甜樱桃病毒数据库；提取甜樱桃叶片中的总RNA，构建小RNA测序文库，并进行Small‑RNA深度测序；获得small RNA测序序列；处理后的序列进行组装；组装出来的序列进行拼接，得到病毒的相关序列。本发明测序技术对甜樱桃树体内的病毒病样本进行快速、准确的诊断，弥补了常规病毒检测方法的不足，实际指导了甜樱桃病毒病的防控。 | ||
| 搜索关键词： | 甜樱桃 高通量测序技术 病毒病 病毒 组装 检测技术领域 植物病毒序列 病毒数据库 诊断 测序技术 测序文库 常规病毒 果树病毒 同源性 序列库 小RNA 总RNA 检测 测序 构建 初选 拼接 去除 叶片 样本 搜索 体内 | ||
【主权项】：
1.一种Small‑RNA高通量测序技术检测甜樱桃病毒的方法，其特征在于，采用以下步骤：（1）从NCBI搜索所有植物病毒序列信息，以E‑value≤1e‑50为标准，得到初选序列库，去除初选序列库中同源性≥97%的序列即为甜樱桃病毒数据库；（2）提取甜樱桃叶片中的总RNA，构建小RNA测序文库，并进行Small‑RNA深度测序；（3）获得small RNA测序序列；（4）步骤（3）处理后的序列进行组装，对于组装出的大于100bp的重叠群寻找高度同源序列：首先，用blastn 将组装的重叠群比对到病毒核酸数据库中，选出每一条序列的比对结果中e值最小的结果，再筛选出比对序列的同源性达到90%的结果；设定如下比对参数：比对长度大于16nt，2个错配碱基以内，e=0.01；（5）将步骤（4）组装出来的序列进行拼接，得到病毒的相关序列。
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