[发明专利]一种Small-RNA高通量测序技术检测甜樱桃病毒的方法在审
| 申请号： | 201811449289.X | 申请日： | 2018-11-29 |
| 公开（公告）号： | CN109457048A | 公开（公告）日： | 2019-03-12 |
| 发明（设计）人： | 朱东姿;王甲威;刘庆忠;陈新;魏海蓉;宗晓娟;徐丽;谭钺;张力思;洪坡 | 申请（专利权）人： | 山东省果树研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/70 | 分类号： | C12Q1/70;C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 济南泉城专利商标事务所 37218 | 代理人： | 孔娟 |
| 地址： | 271000*** | 国省代码： | 山东;37 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 甜樱桃 高通量测序技术 病毒病 病毒 组装 检测技术领域 植物病毒序列 病毒数据库 诊断 测序技术 测序文库 常规病毒 果树病毒 同源性 序列库 小RNA 总RNA 检测 测序 构建 初选 拼接 去除 叶片 样本 搜索 体内 | ||
1.一种Small-RNA高通量测序技术检测甜樱桃病毒的方法，其特征在于，采用以下步骤：
（1）从NCBI搜索所有植物病毒序列信息，以E-value≤1e-50为标准，得到初选序列库，去除初选序列库中同源性≥97%的序列即为甜樱桃病毒数据库；
（2）提取甜樱桃叶片中的总RNA，构建小RNA测序文库，并进行Small-RNA深度测序；
（3）获得small RNA测序序列；
（4）步骤（3）处理后的序列进行组装，对于组装出的大于100bp的重叠群寻找高度同源序列：首先，用blastn 将组装的重叠群比对到病毒核酸数据库中，选出每一条序列的比对结果中e值最小的结果，再筛选出比对序列的同源性达到90%的结果；设定如下比对参数：比对长度大于16nt，2个错配碱基以内，e=0.01；（5）将步骤（4）组装出来的序列进行拼接，得到病毒的相关序列。
2.根据权利要求1所述的检测甜樱桃病毒的方法，其特征在于，步骤（2）所述的提取甜樱桃叶片中的总RNA的方法为：利用多糖多酚植物总RNA提取试剂盒，提取甜樱桃叶片中总RNA。
3.根据权利要求1所述的检测甜樱桃病毒的方法，其特征在于，步骤（2）所述的Small-RNA深度测序通过HiSeq2000高通量进行。
4.根据权利要求1所述的检测甜樱桃病毒的方法，其特征在于，步骤（3）所述的获得small RNA测序序列的方法为检测small RNA测序质量，并去除低质量、未插入3'接头、5'接头序列，再除去带Poly A尾巴和3'接头的数据，最后选取不小于18nt的序列。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于山东省果树研究所，未经山东省果树研究所许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/pat/books/201811449289.X/1.html，转载请声明来源钻瓜专利网。
