[发明专利]一种基于转录组的准确高效的真核生物基因鉴定方法

摘要

本发明公开了一种基于转录组的准确高效的真核生物基因鉴定方法，包括如下工艺步骤：拟鉴定基因表达预测；拟鉴定基因高表达样品的采集和RNA提取与反转录；转录组测序；转录组数据分析与存储；转录组数据的调取；基因鉴定引物的设计与基因鉴定。具体是通过近缘物种的研究报告分析，测定待鉴定基因表达丰富样本的转录组，再在转录组中筛选待鉴定基因的目的序列，并以此为基础进行基因的鉴定克隆，得到准确的基因序列。本技术手段适用于大多数真核生物的功能基因鉴定，十分准确，满足了研究过程功能基因鉴定的研究需求。本发明设计合理，使用简单，成本相对较低，适合推广使用。

主权项

1.一种基于转录组的准确高效的真核生物基因鉴定方法，其特征在于，包括如下工艺步骤：第1步，拟鉴定基因表达预测：首先利用基因的基本信息，以及其在其他物种中的研究结果预测待鉴定基因本身的表达的情况，确定待鉴定基因高表达的时空信息；第2步，拟鉴定基因高表达样品的采集和RNA提取与反转录：待鉴定基因高表达样品的要求为，待鉴定基因的表达量高，样品容易采集且RNA容易提取，根据此要求，利用真核生物特有的Poly A富集RNA，片段化RNA后反转录得到所需的cDNA文库；第3步，转录组测序：使用高通量测序平台对cDNA文库进行测序；第4步，转录组数据分析与存储：对cDNA文库的转录组数据质控、拼接，并进行功能注释，注释结果保存于EXCEL；第5步，转录组数据的调取：利用EXCEL的搜索功能，以待鉴定基因为关键词进行搜索，将需要鉴定的基因名在功能注释的EXCEL中搜索定位其在转录组中的位置，调出对应的转录组序列，若找到多个序列，则进行序列比对，筛选正确的序列用于引物设计；第6步，基因鉴定引物的设计与基因鉴定：根据筛选到的序列对序列进行整理分析，预测其CDS并设计序列特异性引物，进行基因鉴定。