[发明专利]一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法

摘要

本发明涉及一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法，属于分子遗传技术领域。本发明提供的林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法包括以下步骤：1)获得林木lncRNA序列；2)利用blast预测方法得到初步筛选后的lncRNA的靶基因；3)利用RNAplex预测方法得到二次筛选后的lncRNA的靶基因；4)对所述步骤3)中的lncRNA及二次筛选后的lncRNA的靶基因的组织特异性表达模式进行检测，计算两者的表达相关性，确定lncRNA及其靶基因之间的相互作用关系。本发明预测方法能够高效、稳定地检测lncRNA及其靶基因的作用区段，并且能够显著提高林木lncRNA靶基因预测的准确性。

主权项

1.一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法，包括以下步骤：/n1)提供林木lncRNA序列；/n2)利用blast预测方法将所述lncRNA序列与具有蛋白编码功能的基因进行序列比对，参数设置为：E-value＜1E-10，得到初步筛选后的lncRNA的靶基因；/n3)利用RNAplex预测方法对所述步骤2)得到的lncRNA的靶基因再次进行筛选，参数设置为：E-value＜-60，得到二次筛选后的lncRNA的靶基因；/n4)对lncRNA和所述步骤3)中二次筛选后的lncRNA的靶基因的组织特异性表达模式进行检测，计算两者的表达相关性，确定lncRNA及其靶基因之间的相互作用关系；/n所述计算用公式如下：/n /n所述x代表lncRNA在所检测的组织中的表达量，/n所述y代表靶基因在所检测的组织中的表达量，/nr代表lncRNA与其靶基因表达量的相关性系数；/n相关性系数r代表对两者表达相关性的评价指标；r在[-0.75，0.75]之间表明x和y表达相关性较低；r＞0.75，或r＜-0.75表明x和y的表达成极相关，确定所述靶基因为林木长片段非编码RNA的靶基因。/n