[发明专利]一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法

说明书

本发明涉及一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法，属于分子遗传技术领域。本发明提供的林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法包括以下步骤：1)获得林木lncRNA序列；2)利用blast预测方法得到初步筛选后的lncRNA的靶基因；3)利用RNAplex预测方法得到二次筛选后的lncRNA的靶基因；4)对所述步骤3)中的lncRNA及二次筛选后的lncRNA的靶基因的组织特异性表达模式进行检测，计算两者的表达相关性，确定lncRNA及其靶基因之间的相互作用关系。本发明预测方法能够高效、稳定地检测lncRNA及其靶基因的作用区段，并且能够显著提高林木lncRNA靶基因预测的准确性。

技术领域

本发明涉及分子遗传学技术领域，尤其涉及一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法。

背景技术

长片段非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸，无蛋白编码能力或编码能力极低的RNA转录本。研究表明，lncRNA可以在转录、转录后水平以及表观遗传学水平影响基因的表达，进而影响植物的生理与生化过程，例如，植物开花时间的调控等。在植物中发现，lncRNA主要通过序列互补的形式，与其靶基因进行结合，从而促进或者抑制基因的表达。例如，拟南芥lncRNA HID 1(HIDDEN TREASURE 1)通过与PIF 3(PHYTOCHROME-INTERACTING FACTOR 3)启动子区碱基互补配对结合，进而抑制了PIF3的表达。由于多年生林木基因组杂合度高，DNA序列多态性丰富，多利用生物信息学分析手段预测lncRNA及其靶基因的序列互补区段，同时检测lncRNA及其靶基因的表达相关性。

现有技术中，植物lncRNA靶基因的预测，只考虑到序列互补的原则，且预测方法的阈值参数较低，造成预测的靶基因存在假阳性。现有技术缺乏一种准确性更高的植物lncRNA靶基因的预测方法。

发明内容

本发明的目的在于提供一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法。本发明提供的预测方法能够高效、稳定地检测lncRNA及其靶基因的作用区段，并且能够显著提高林木lncRNA靶基因预测的准确性。

本发明提供了一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法，包括以下步骤：

1)提供林木lncRNA序列；

2)利用blast预测方法将所述lncRNA序列与具有蛋白编码功能的基因进行序列比对，参数设置为：E-value<1E-10，得到初步筛选后的lncRNA的靶基因；

3)利用RNAplex预测方法对所述步骤2)得到的lncRNA的靶基因再次进行筛选，参数设置为：E-value<-60，得到二次筛选后的lncRNA的靶基因；

4)对lncRNA和所述步骤3)中二次筛选后的lncRNA的靶基因的组织特异性表达模式进行检测，计算两者的表达相关性，确定lncRNA及其靶基因之间的相互作用关系；

所述计算用公式如下：

所述x代表lncRNA在所检测的组织中的表达量，

所述y代表靶基因在所检测的组织中的表达量，

r代表lncRNA与其靶基因表达量的相关性系数；

阈值r代表对两者表达相关性的评价指标；r在-0.75～0.75之间表明x和y表达相关性较低；r>0.75,或r<-0.75表明x和y的表达成极相关，确定所述靶基因为林木长片段非编码RNA的靶基因。

优选的是，所述具有蛋白编码功能的基因包括：该林木对应物种基因组中所有具有蛋白质编码的基因。

优选的是，所述步骤4)组织特异性表达模式的检测方法为实时定量荧光PCR方法。