[发明专利]一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法

权利要求书

1.一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法，包括以下步骤：

1)提供林木lncRNA序列；

2)利用blast预测方法将所述lncRNA序列与具有蛋白编码功能的基因进行序列比对，参数设置为：E-value＜1E-10，得到初步筛选后的lncRNA的靶基因；

3)利用RNAplex预测方法对所述步骤2)得到的lncRNA的靶基因再次进行筛选，参数设置为：E-value＜-60，得到二次筛选后的lncRNA的靶基因；

4)对lncRNA和所述步骤3)中二次筛选后的lncRNA的靶基因的组织特异性表达模式进行检测，计算两者的表达相关性，确定lncRNA及其靶基因之间的相互作用关系；

所述计算用公式如下：

所述x代表lncRNA在所检测的组织中的表达量，

所述y代表靶基因在所检测的组织中的表达量，

r代表lncRNA与其靶基因表达量的相关性系数；

相关性系数r代表对两者表达相关性的评价指标；r在[-0.75，0.75]之间表明x和y表达相关性较低；r＞0.75，或r＜-0.75表明x和y的表达成极相关，确定所述靶基因为林木长片段非编码RNA的靶基因。

2.根据权利要求1所述的预测方法，其特征在于，所述具有蛋白编码功能的基因包括：该林木对应物种基因组中所有具有蛋白质编码的基因。

3.根据权利要求1所述的预测方法，其特征在于，所述步骤4)组织特异性表达模式的检测方法为实时定量荧光PCR方法。

4.根据权利要求3所述的预测方法，其特征在于，所述实时定量荧光PCR方法的扩增条件为：预变性95℃，30s；PCR反应40个循环：95℃，3s，60℃，30s；于[60℃，95℃]区间绘制溶解曲线。