[发明专利]一种脱落细胞DNA低频突变富集测序方法

摘要

本发明提供了一种脱落细胞DNA的低频突变富集测序方法，包括脱落细胞DNA的提取与DNA的打断，样品DNA文库构建、通用文库TT‑COLD PCR扩增富集、探针富集捕获、捕获产物PCR及上机测序、正反双链纠错低频信息分析步骤，具体为基于接头通用引物进行TT COLD PCR对所有类型变异实现第一级突变富集扩增；设计富集探针芯片，针对热点变异将人基因组参考序列hg19设计的探针替换为基于突变碱基设计的探针，其他位点探针不变，进行第二级富集捕获；文库构建中的插入DNA两端12bp自身序列作为标签进行正反双链纠错比对，提高数据利用率，实现低频精确检测，可以对0.01％低频变异具有高特异性检测。

主权项

一种脱落细胞DNA低频突变富集测序试剂盒，其特征在于，含有富集探针芯片，芯片上探针是将基于人基因组参考序列hg19设计的探针替换为基于突变碱基设计的探针，其他位点探针不变，且热点变异探针总覆盖度与其他区域正常探针覆盖度的差异至少为3:1；基于目标DNA突变碱基设计探针的方法为：根据目的基因的用途确定芯片捕获区间，参考目标DNA所属的数据库，在一定碱基范围内，确定至少1个最重要的热点变异位点，同时针对该位点存在的多种突变类型，以几种主要类型作为参考，基于相应的发生频率作为其在该位点总探针覆盖水平所占的比例。