[发明专利]一种快速检测不同品种猪线粒体基因组多态位点的方法

摘要

本发明涉及一种快速检测不同品种猪线粒体基因组多态位点的方法，包括如下步骤步骤1，线粒体基因组覆盖引物设计；步骤2，NUMT排查；步骤3，基因组混池构建；步骤4，PCR扩增、DNA测序、序列拼接和SNP分析。本发明所述的方法，运用全基因组测序策略，采用DNA混池测序技术，建立了一整套线粒体基因组多态的分析方法，既排除了NUMT对线粒体基因多态分析的潜在干扰，获得真实的线粒体基因组多态信息，又能高效、便捷地获得品种内、品种间的多态信息。

主权项

一种快速检测不同品种猪线粒体基因组多态位点的方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤1，线粒体基因组覆盖引物设计；步骤2，NUMT排查，得到覆盖全线粒体基因组的特异PCR引物；步骤3，基因组混池构建；步骤4，PCR扩增、DNA测序、序列拼接和SNP分析；步骤1中，参照已有线粒体基因组序列，设计线粒体基因组PCR引物，所述线粒体基因组PCR引物扩增覆盖线粒体基因组片段，且保证每对引物在扩增单一DNA模板时只特异扩增mtDNA片段，无测序套峰出现；步骤2中，用步骤1设计的线粒体基因组PCR引物分别对单一DNA模板进行扩增和PCR产物测序，其中：扩增片段应为单一特异条带，否则需要优化扩增条件或重新设计引物直至出现单一特异条带；PCR产物的测序结果应为特异峰图，无套峰出现，否则需要优化扩增条件或重新设计引物直至无测序套峰出现；同时满足扩增片段为单一特异条带和PCR产物的测序结果为特异峰图，即得到所需的覆盖全线粒体基因组的特异PCR引物；所述覆盖全线粒体基因组的特异PCR引物如SEQUENCE LISTING中的序列1至序列32所示；所述方法为非疾病诊断用途。