[发明专利]一种快速检测不同品种猪线粒体基因组多态位点的方法

权利要求书

1.一种快速检测不同品种猪线粒体基因组多态位点的方法，其特征在于，包括如下步骤：

步骤1，线粒体基因组覆盖引物设计；

步骤2，NUMT排查，得到覆盖全线粒体基因组的特异PCR引物；

步骤3，基因组混池构建；

步骤4，PCR扩增、DNA测序、序列拼接和SNP分析；

步骤1中，参照已有线粒体基因组序列，设计线粒体基因组PCR引物，所述线粒体基因组PCR引物扩增覆盖线粒体基因组片段，且保证每对引物在扩增单一DNA模板时只特异扩增mtDNA片段，无测序套峰出现；

步骤2中，用步骤1设计的线粒体基因组PCR引物分别对单一DNA模板进行扩增和PCR产物测序，其中：

扩增片段应为单一特异条带，否则需要优化扩增条件或重新设计引物直至出现单一特异条带；

PCR产物的测序结果应为特异峰图，无套峰出现，否则需要优化扩增条件或重新设计引物直至无测序套峰出现；

同时满足扩增片段为单一特异条带和PCR产物的测序结果为特异峰图，即得到所需的覆盖全线粒体基因组的特异PCR引物；

所述覆盖全线粒体基因组的特异PCR引物如SEQUENCE LISTING中的序列1至序列32所示；

所述方法为非疾病诊断用途。

2.如权利要求1所述的快速检测不同品种猪线粒体基因组多态位点的方法，其特征在于：步骤3中，采用DNA混池测序技术，将不同母系来源的猪基因组DNA样品浓度标定为100ng/μL，并等量混合，每个混池的最大样本量为20个。

3.如权利要求1所述的快速检测不同品种猪线粒体基因组多态位点的方法，其特征在于：步骤4中，使用步骤2得到的覆盖全线粒体基因组的特异PCR引物进行扩增、测序及序列比对分析，从而获得品种内、品种间多态位点。

4.如权利要求3所述的快速检测不同品种猪线粒体基因组多态位点的方法，其特征在于：品种内多态通过混池测序出现的套峰直接获得；品种间多态的查找方法为：以单字母定义品种内多态类型，通过定义字母替代碱基多态类型即可获得品种特异的线粒体基因组定义DNA序列，通过比对不同品种的定义序列，即可获得品种间多态位点。

5.如权利要求4所述的快速检测不同品种猪线粒体基因组多态位点的方法，其特征在于：以单字母定义品种内多态类型，规则为：R表示A+G，Y表示C+T，M表示A+C，K表示G+T，S表示C+G，W表示A+T。