[发明专利]高通量检测脊椎动物病原体基因芯片的探针设计方法无效
| 申请号： | 201110348756.1 | 申请日： | 2011-11-08 |
| 公开（公告）号： | CN103093120A | 公开（公告）日： | 2013-05-08 |
| 发明（设计）人： | 张鑫磊;蒋小云;肖琛 | 申请（专利权）人： | 北京健数通生物计算技术有限公司 |
| 主分类号： | G06F19/20 | 分类号： | G06F19/20 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 100101 北京市朝阳区*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种生物芯片的探针设计方法，尤其是设计出用于对以脊椎动物为宿主的病毒、细菌、真菌等病原体进行高通量检测的探针。本发明提供的方法，包括：1)针对检测对象为细菌、真菌以及原生动物三类病原体的，以rRNA为模板的探针设计方法；2)针对检测对象为病毒，以结构蛋白编码序列为模板的探针设计方法。 | ||
| 搜索关键词： | 通量 检测 脊椎动物 病原体 基因芯片 探针 设计 方法 | ||
【主权项】：
一种针对细菌、真菌以及原生动物三类病原体的探针，其特征是一种基于16S rRNA或18S rRNA序列模板的设计方法为基础的探针，包括：从RibosomalDatabase Project(RDP)数据库里得到目标物种的rRNA序列，抽提出物种内部的保守的序列区域；(1)通过系统发生分析，对多个物种的代表性序列构建进化树，从进化树的分支中找到目标物种的最近邻物种；(2)将两个物种进行序列比对得到种间的保守区；(3)从目标物种的种内保守区域中去除这部分种间保守区，得到目标物种的特异性区域，作为备选序列；(4)针对该备选序列进行探针设计，对得到的备选探针进行特异性评估，去除那些可能产生交叉杂交的低质量探针。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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