[发明专利]高通量检测脊椎动物病原体基因芯片的探针设计方法

权利要求书

1.一种针对细菌、真菌以及原生动物三类病原体的探针，其特征是一种基于16S rRNA或18S rRNA序列模板的设计方法为基础的探针，包括：从RibosomalDatabase Project(RDP)数据库里得到目标物种的rRNA序列，抽提出物种内部的保守的序列区域；

(1)通过系统发生分析，对多个物种的代表性序列构建进化树，从进化树的分支中找到目标物种的最近邻物种；

(2)将两个物种进行序列比对得到种间的保守区；

(3)从目标物种的种内保守区域中去除这部分种间保守区，得到目标物种的特异性区域，作为备选序列；

(4)针对该备选序列进行探针设计，对得到的备选探针进行特异性评估，去除那些可能产生交叉杂交的低质量探针。

2.一种针对病毒的探针，其特征是一种基于结构蛋白编码序列的设计方法为基础的探针，通过蛋白-蛋白比对获取保守区域的信息，包括：

(1)从EMBL数据库中下载病毒序列标准文件，从中抽提出编码结构蛋白的核酸序列以及相应的蛋白质序列；

(2)将这些蛋白质序列与Pfam数据库中的种子序列进行比对，得到保守的序列区域，将与其对应的核酸编码区作为下一步设计的备选序列；

(3)按照权利要求1中所述的步骤(4)，进行后续的探针设计。