[发明专利]化学连接依赖性的探针扩增(CLPA)

摘要

本发明提供了用于检测样品中存在的一种或多种核酸靶物的组合物、仪器和方法。本发明的方法包括：使用2种或更多种寡核苷酸探针，所述探针彼此紧密靠近地可逆地结合靶核酸，并具有互补的反应性连接部分。当这样的探针已经以适当取向结合靶物时，它们能够发生自发的化学连接反应，该反应产生连接的寡核苷酸产物。在一个方面，所述连接产物具有与特定靶物有关的可变长度。在化学连接以后，通过毛细管电泳或微阵列分析，可以放大和检测探针。

主权项

一种用于检测包含多种不同序列的样品核酸的样品中至少一种特定靶核酸序列的存在的方法，所述至少一种特定靶核酸序列包含第一靶结构域和第二靶结构域，所述结构域的位置基本上彼此邻近，所述方法包括下述步骤：a)使所述样品核酸接触多个不同的探针集合，每个探针集合包含i.第一连接探针，其包含：1)与所述第一靶结构域基本上互补的第一探针结构域；和2)与所述靶核酸基本上不互补的第一非互补区，3)5′‑连接部分；和ii.第二连接探针，其包含：1)与所述第二靶结构域基本上互补的第二探针结构域；2)与所述靶核酸基本上不互补的第二非互补区，3)3′连接部分；其中所述连接探针中的至少一个包含可变间隔序列；和b)在没有连接酶存在下，连接所述第一连接探针和第二连接探针，以形成连接产物；c)扩增所述连接产物；和d)检测所述连接产物的存在。