[发明专利]化学连接依赖性的探针扩增(CLPA)

权利要求书

1.一种用于检测包含多种不同序列的样品核酸的样品中至少一种特定靶核酸序列的存在的方法，所述至少一种特定靶核酸序列包含第一靶结构域和第二靶结构域，所述结构域的位置基本上彼此邻近，所述方法包括下述步骤：

a)使所述样品核酸接触多个不同的探针集合，每个探针集合包含

i.第一连接探针，其包含：

1)与所述第一靶结构域基本上互补的第一探针结构域；和

2)与所述靶核酸基本上不互补的第一非互补区，

3)5′-连接部分；和

ii.第二连接探针，其包含：

1)与所述第二靶结构域基本上互补的第二探针结构域；

2)与所述靶核酸基本上不互补的第二非互补区，

3)3′连接部分；

其中所述连接探针中的至少一个包含可变间隔序列；和

b)在没有连接酶存在下，连接所述第一连接探针和第二连接探针，以形成连接产物；

c)扩增所述连接产物；和

d)检测所述连接产物的存在。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述靶序列是RNA和/或DNA。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述靶序列包含未纯化的RNA。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述样品源自哺乳动物体，所述哺乳动物体选自血液、尿、唾液和粪便。

5.如权利要求1所述的方法，其中所述检测步骤是通过毛细管电泳。

6.如权利要求1所述的方法，其中所述检测步骤是通过微阵列分析。

7.如权利要求1所述的方法，其中所述检测步骤是通过荧光或实时荧光分析。

8.如权利要求1所述的方法，其中所述检测步骤是通过质谱法。

9.如权利要求1所述的方法，其中在所述第一连接探针上的所述5’连接部分是DABSYL部分，在所述第二连接探针上的所述3’连接部分是3-硫代磷酸酯部分。

10.如权利要求1所述的方法，其中所述第一连接探针和第二连接探针各自另外包含用于扩增所述连接产物的通用引物序列。

11.如权利要求10所述的方法，其中结合所述引物序列的通用引物之一含有可检测的标记。

12.如权利要求11所述的方法，其中所述可检测的标记选自：荧光标记、化学发光标记、电化学标记和磁性标记。

13.如权利要求12所述的方法，其中所述标记是选自下述的荧光标记：荧光素和它的衍生物、TAMRA(四甲基-6-羧基罗丹明)、Alexa染料、Quasar染料和菁染料(例如Cy3和Cy5)。

14.一种用于检测包含多种不同序列的样品核酸的样品中至少一种特定靶核酸序列的存在的方法，所述至少一种特定靶核酸序列包含第一靶结构域和第二靶结构域，所述结构域的位置基本上彼此邻近，所述方法包括下述步骤：

a)使所述样品核酸接触多个不同的探针集合，每个探针集合包含

i)第一连接探针，其包含：

1)与所述第一靶结构域基本上互补的第一探针结构域；和

2)与所述靶核酸基本上不互补的第一非互补区，

3)5′-连接部分；和

ii)第二连接探针，其包含：

1)与所述第二靶结构域基本上互补的第二探针结构域；

2)与所述靶核酸基本上不互补的第二非互补区；和

3)3′连接部分；

其中所述第一连接探针和第二连接探针中的至少一个另外包含锚序列；

b)将所述连接产物捕获在微阵列基质上，所述微阵列基质包含与所述锚序列基本上互补的捕获探针；和

c)检测所述连接产物的存在。

15.如权利要求14所述的方法，其中所述第一连接探针和第二连接探针各自另外包含用于扩增所述连接产物的通用引物序列，其中结合所述引物序列的通用引物之一含有可检测的标记，其中所述可检测的标记选自：荧光标记、电化学标记和磁性标记。