[发明专利]一种单细胞全基因组测序文库的构建方法在审
| 申请号: | 202310609812.5 | 申请日: | 2023-05-26 |
| 公开(公告)号: | CN116622807A | 公开(公告)日: | 2023-08-22 |
| 发明(设计)人: | 刘一凡;张蓉;李婕 | 申请(专利权)人: | 上海科技大学 |
| 主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12R1/01 |
| 代理公司: | 上海光华专利事务所(普通合伙) 31219 | 代理人: | 聂月美;许亦琳 |
| 地址: | 201210 上*** | 国省代码: | 上海;31 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 单细胞 基因组 序文 构建 方法 | ||
1.一种单细胞全基因组测序文库的构建方法,其特征在于,所述的构建方法包括如下步骤:
1)提供微腔室,所述微腔室包含单细胞的全基因组DNA;
2)在所述微腔室内,加入携带有索引条形码的随机引物和扩增试剂进行扩增,得到含有索引条形码的全基因组扩增产物;
3)纯化,得到所述单细胞全基因组测序文库。
2.如权利要求1所述的构建方法,其特征在于,包括如下技术特征中的至少一项:
A1)所述携带有索引条形码的引物的长度为2~99个碱基;
A2)所述携带有索引条形码的引物包含条形码序列和随机引物序列;
A3)所述微腔室选自微液滴、凝胶微球、半透膜体系、脂质体体系、微孔板或离心管;
A4)所述微腔室的体积大小为皮升至纳升。
3.如权利要求2所述的构建方法,其特征在于,包括如下技术特征中的任一项:
B1)当微腔室为微液滴时,将携带有索引条形码的随机引物和扩增反应试剂加入所述微液滴内;
B2)当微腔室为凝胶微球时,将所述凝胶微球还原为凝胶液滴,将携带有索引条形码的随机引物和扩增试剂加入所述凝胶液滴内。
4.如权利要求3所述的构建方法,其特征在于,所述携带有索引条形码的随机引物通过微液滴或微球的形式加入所述微腔室内;
和/或,所述扩增试剂通过微液滴或微球的形式加入所述微腔室内。
5.如权利要求4所述的构建方法,其特征在于,加入时采用的方法选自液滴融合法或液滴注射法中的一种或两种。
6.如权利要求3所述的构建方法,其特征在于,还原时,采用还原剂进行处理;优选的,所述还原剂选自二硫苏糖醇、巯基乙醇和三(2-羧乙基)膦盐酸盐中的一种或多种。
7.如权利要求1所述的构建方法,其特征在于,2)中,所述扩增方法选自PCR扩增、MDA扩增和MALBAC扩增中的一种或多种;
和/或,所述扩增试剂还包括焦磷酸酶。
8.如权利要求1所述的构建方法,其特征在于,1)中,单细胞的捕获于所述微腔室,裂解获得单细胞的全基因组DNA。
9.如权利要求8所述的构建方法,其特征在于,裂解的方法包括变性反应、酶裂解法、碱裂解法、热休克法和超声波处理法中的一种或多种;
和/或,单细胞的捕获方法选自限稀释法、显微操作法、荧光流式分选法、微液滴生成法、激光显微切割法或毛细管挑取法中的一种或多种。
10.如权利要求1所述的构建方法,其特征在于,还包括将纯化后产物与接头序列连接。
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