[发明专利]一种筛选差异水平基因转移的方法

说明书

本发明公开了水平基因转移技术领域的一种筛选差异水平基因转移的方法，包括以下步骤：S1：收集并过滤样本中所有HGT事件；S2：收集交换过基因的属对；S3：筛选差异属对，本发明的有益效果是：本发明涉及一种筛选差异水平基因转移的方法，提出的寻找差异水平基因转移的方法可以反映物种间的动态关系和相互作用。本发明包括选择差异HGT，确定共享至少一个HGT断点对的差异分类群对，用Python中的scipy模块将这两个向量与Wilcoxon秩和检验进行比较，并根据P值升序对分类群对进行排序来确定差异分类群对。同时我们也根据类似的方法寻找差异HGT断点。

技术领域

本发明涉及水平基因转移技术领域，具体为一种筛选差异水平基因转移的方法。

背景技术

为了寻找宏基因组和人体表型的关联，在case-control研究中，研究者在宏基因组中寻找差异物种、差异基因、差异代谢通路、差异SNV等。这些差异生物标记为研究组间差异、寻找表型和宏基因组的关联性提供了重要作用。人们使用这种方式发现了多种致病的细菌或菌株，这对我们了解疾病的机理甚至治疗手段，都有重要作用；

人体微生物是个复杂的动态系统，里面各个细菌之间都有频繁的基因交换，这导致细菌的基因成分都在不停改变。然而差异物种、差异基因、差异代谢通路、差异SNV等特征难以反映物种间的动态关系和相互作用。水平基因转移(HGT)是指微生物物种间的基因片段传递，它通过传递遗传信息将不同的物种联系在一起。

为此，我们提出一种筛选差异水平基因转移的方法。

发明内容

本发明的目的在于提供一种筛选差异水平基因转移的方法，以解决上述背景技术中提出的问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种筛选差异水平基因转移的方法，包括以下步骤：

S1：收集并过滤样本中所有HGT事件；

S2：收集交换过基因的属对；

S3：筛选差异属对。

优选的，所述S1中把基因组分成长度为100个碱基对的区间，所定位区间的索引用来表示断点的位置。

优选的，所述S2中确定至少共享一个HGT断点对的差异分类群对，带有HGT的基因组被注释为不同的分类水平。一个分类群对代表至少一个HGT出现在两个分类群的基因组之间，然后为每个属对构建两个二进制向量，以分别记录其是否在样本和对照中存在。

优选的，所述S3中用Python语言中的scipy模块将这两个向量用Wilcoxon秩和检验进行比较，并根据P值的升序对HGT进行排序，来选择差异HGT。

优选的，将所述P值小于0.05的类群对选为差异类群对，将所述P值小于0.05的HGT断点对表示为差异HGT断点。

优选的，这些分类群可以在任何分类水平上进行注释。

与现有技术相比，本发明的有益效果是：本发明涉及一种筛选差异水平基因转移的方法，提出的寻找差异水平基因转移的方法可以反映物种间的动态关系和相互作用。本发明包括选择差异HGT，确定共享至少一个HGT断点对的差异分类群对，用Python中的scipy模块将这两个向量与Wilcoxon秩和检验进行比较，并根据P值升序对分类群对进行排序来确定差异分类群对。同时我们也根据类似的方法寻找差异HGT断点。

附图说明

图1为本发明流程示意图。

具体实施方式

实施例一

请参阅图1，本发明提供一种技术方案：

一种筛选差异水平基因转移的方法，包括以下步骤：

S1：收集并过滤样本中所有HGT事件；