[发明专利]一种筛选差异水平基因转移的方法

权利要求书

1.一种筛选差异水平基因转移的方法，其特征在于：包括以下步骤：

S1：收集并过滤样本中所有HGT事件；

S2：收集交换过基因的属对；

S3：筛选差异属对。

2.根据权利要求1所述的一种筛选差异水平基因转移的方法，其特征在于：所述S1中把基因组分成长度为100个碱基对的区间，所定位区间的索引用来表示断点的位置。

3.根据权利要求1所述的一种筛选差异水平基因转移的方法，其特征在于：所述S2中确定至少共享一个HGT断点对的差异分类群对，带有HGT的基因组被注释为不同的分类水平。一个分类群对代表至少一个HGT出现在两个分类群的基因组之间，然后为每个属对构建两个二进制向量，以分别记录其是否在样本和对照中存在。

4.根据权利要求1所述的一种筛选差异水平基因转移的方法，其特征在于：所述S3中用Python语言中的scipy模块将这两个向量用Wilcoxon秩和检验进行比较，并根据P值的升序对HGT进行排序，来选择差异HGT。

5.根据权利要求4所述的一种筛选差异水平基因转移的方法，其特征在于：将所述P值小于0.05的类群对选为差异类群对，将所述P值小于0.05的HGT断点对表示为差异HGT断点。

6.根据权利要求5所述的一种筛选差异水平基因转移的方法，其特征在于：这些分类群可以在任何分类水平上进行注释。