[发明专利]一种分化型甲状腺癌的基因甲基化诊断模型及其构建方法

说明书

本发明公开了一种分化型甲状腺癌的基因甲基化诊断模型的构建方法，它包括以下步骤：S1、获得检测样本；S2、对检测样本进行DNA提取和储存；S3、进行甲基化分析；S4、基于DNA甲基化建立诊断模型，诊断模型显示在PTC患者中具有cg03596178,cg06033721,cg06688989,cg07209244,cg07485775,cg14484681,cg19979108,cg20943461的患者病情进展的可能性更大，属于危险因素；S5、交叉验证评估性能，获得基因甲基化诊断模型。本模型通过检测甲基化的特殊位点并统计，用以区分甲状腺分化癌中具有复发、转移特征的这一部分患者，将相关模型可辅助临床对甲状腺患者的诊断和随诊。

技术领域

本发明属于医学建模领域，特别是一种分化型甲状腺癌的基因甲基化诊断模型。

背景技术

甲状腺癌是最常见的内分泌恶性肿瘤，近几年其发病率在世界范围内呈逐步上升趋势。甲状腺癌可分为甲状腺乳头状癌(Papillary thyroid cancer,PTC)，甲状腺髓样癌(Medullary Thyroid Carcinoma，MTC)，甲状腺未分化癌(Anaplastic thyroid cancer，ATC)等几种类型。其中，以PTC最为多见，PTC也叫分化型甲状腺癌，预后最好，而未分化型甲状腺癌患者的恶性度最高，但是因为ATC仅仅只占到所有甲状腺癌的不到2％，所以PTC的关注度在甲状腺癌中是最多的。

目前,对于甲状腺癌的诊断方法主要依赖超声影像指导下的细针穿刺活检(Fineneedle aspiration biopsy,FNAB)取得甲状腺肿块的样本细胞，然后通过在显微镜下观察所取得的细胞的病理特点，对其良恶性进行判断。FNAB这种取样方式属于有创性检查，它依赖于临床医生的超声诊断水平和甲状腺结节的穿刺操作的准确性，如果医生没有丰富的临床经验，则可能取错组织，从而造成漏诊，所以FNAB不仅有创伤，还存在很大的漏诊风险。除此之外，目前由超声科医生通过FNAB采集到的样本要通过病理医生在显微镜下观察标本的形态特点对标本进行判断，进一步地增加了FNAB这种诊断方法的主观性，而且就携带有FNAB样本的病理涂片而言，其中有约20％～30％的甲状腺结节细胞是在目前的临床水平下难以通过FNAB确定结节的良恶性的。这20％～30％患者承担着被漏诊或者误诊的可能，而每一位患者的生命都是珍贵的，对于健康人漏意味着患者他可能需要付出生命的代价，而将健康人误诊为甲状腺癌患者则会大大增加患者的心理压力，进而可能引发一系列的问题。

按照目前的技术条件，想要通过其他比如尿液，血液等成分对甲状腺疾病进行诊断还非常困难，所以,对于甲状腺癌的诊断仍然需要依赖FNAB来获取样本，但是我们可以通过其他的客观的检测方法来补充现有的诊断，从而降低诊断方法中因为主观原因所导致的误差。综上所述，目前临床上亟需建立一种准确性和敏感性更高的客观检测诊断方法来辅助现有的诊断方法，对穿刺取得的微量组织样品进行检测，获得更加客观的数据，从而降低误诊和漏诊的可能，提高患者的生活质量。

发明内容

本发明针对背景技术中存在的问题，提出了一种分化型甲状腺癌的基因甲基化诊断模型及其构建方法。

技术方案：

一种分化型甲状腺癌的基因甲基化诊断模型，它通过以下步骤构建：

S1、获得检测样本，对检测样本进行人工分级；

S2、对检测样本进行DNA提取和储存；

S3、将实验组甲状腺癌以及正常对照组甲状腺结节的DNA用于RRBS文库构建，进行甲基化分析。RRBS测序在23565个基因启动子区域(转录起始点±1K)的基因的甲基化程度，检测的基因启动子区域为hg38版本(Homo sapiens genome assembly GRCh38-NCBI-NLM(nih.gov))，将所获得的每个基因启动子区域在正常组中DNA甲基化平均值以及在甲状腺癌组中DNA甲基化的平均值，通过T-test计算正常组与甲状腺癌组之间的统计学差异，保留P＜0.05的基因；