[发明专利]一种分化型甲状腺癌的基因甲基化诊断模型及其构建方法

权利要求书

1.一种基于超声引导下细针穿刺活检和焦磷酸测序的分化型甲状腺癌的基因甲基化诊断模型的构建方法，其特征在于它包括以下步骤：

S1、获得检测样本，对检测样本进行人工分级；

S2、对检测样本进行DNA提取和储存；

S3、将具有PTC以及正常甲状腺结节的DNA用于RRBS文库构建，进行甲基化分析；

S4、基于DNA甲基化建立诊断模型，诊断模型显示在PTC患者中具有cg03596178,cg06033721,cg06688989,cg07209244,cg07485775,cg14484681,cg19979108,cg20943461的患者病情进展的可能性更大，属于危险因素，应该被紧密地随访。每个DMP的权重相同，若将这些DMP的值依次设置x₁，x₂，…，x₈,则患者的诊断模型值为Y＝x₁+x₂+…+x₈，如患者的检测结果中具有诊断模型中的一个DMP高表达，Y为1，具有诊断模型中的两个DMP，则Y为2，依次类推，患者所具有的Y的分值越高则危险度越高；

S5、交叉验证评估性能，获得基因甲基化诊断模型。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于S1中，使用超声引导下细针穿刺活检FNAC获得检测样本。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于S2中，提取的DNA于-80℃储存于试管中。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于S3中，RRBS文库基于已建立的单端测序操作步骤在Genome AnalyzerII上进行测序；对原始测序数据进行过滤和评估；获得胞嘧啶的甲基化相关信息，包括覆盖率分析、甲基化分析和DMRs分析；选用序列深度覆盖至少为10且至少被四个读数覆盖的甲基化胞嘧啶的多少来确定基因甲基化水平的高低。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于S4中，具体步骤为：

S4-1、样本与正常对照之间的差异甲基化探针标记为DMP-1；

S4-2、获取甲状腺癌临床特征在内的癌症基因组图谱TCGA数据库的甲基化数据，包括498例甲状腺癌和64例正常对照；将TCGA数据派生的DMP标记为DMP-2；

将DMP-1和DMP-2叠加获得DMP-3；

S4-3、对DMP-3数据进行受试者工作特征曲线ROC curve分析，以确定具有诊断价值并可将PTC与正常对照区分开来的DMP；

S4-4、在ROC曲线下的面积AUC呈现高面积的基因探针被进一步分析过滤；

S4-5、在此基础上构建诊断模型。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于所构建诊断模型通过美国国家癌症研究所生物研究中心阵列工具v.4.4.0线性方法进行训练。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于所述线性方法包括支持向量机SVM、对角线性判别分析DLDA和复合协变量预测变量分析。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于S5中，通过留一法交叉验证LOOCV评估性能。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于S4中，按照分值来设定随访的时间，1分每一年随访，2分每半年随访，3分4分每三个月随访，5分6分每两个月随访一次，7分每个月随访一次，8分则半个月随访一次。

10.一种分化型甲状腺癌的基因甲基化诊断模型，其特征在于所述模型由权利要求1-9任一项所述的方法构建。