[发明专利]一种提高PGPR根际趋化定殖能力的方法及工程菌

权利要求书

1.一种提高PGPR根际趋化定殖能力的方法，其特征在于，步骤为：

（1）从某一PGPR的基因组注释中查询该细菌的趋化受体，然后根据趋化受体的氨基酸序列筛选趋化受体中与增强甲基化修饰效率相关的结构域；

（2）从步骤（1）的结构域的C端延伸区筛选可能和参与趋化的甲基转移酶结合的五肽；

（3）对步骤（2）中筛选的五肽进行分子建模，对参与趋化的甲基转移酶进行同源建模，根据二者的结合自由能筛选和参与趋化的甲基转移酶结合自由能低的五肽；

（4）将步骤（3）的五肽嫁接到PGPR趋化根际的强趋化物的、不含有步骤（3）筛选的五肽的趋化受体的C-端，即得趋化定殖能力提高的工程菌。

2.根据权利要求1所述的提高PGPR根际趋化定殖能力的方法，其特征在于：所述步骤（1）中筛选趋化受体中与增强甲基化修饰效率相关的结构域是通过smart在线分析工具实现的。

3.根据权利要求2所述的提高PGPR根际趋化定殖能力的方法，其特征在于：所述与增强甲基化修饰效率相关的结构域指为MA结构域。

4.根据权利要求3所述的提高PGPR根际趋化定殖能力的方法，其特征在于：所述步骤（3）中分子建模是利用chemoffice19.0_win软件，同源建模是利用SWISS-MODEL工具。

5.根据权利要求1-3任一项所述的提高PGPR根际趋化定殖能力的方法，其特征在于：所述PGPR为假单胞菌UW4，参与趋化的甲基转移酶为CheR2，其GenBank登录号是AFY21330。

6.根据权利要求5所述的提高PGPR根际趋化定殖能力的方法，其特征在于：所述步骤（4）中五肽序列如SEQ ID No.1所示，不含有五肽的趋化受体为McpACC，其序列如SEQ IDNo.7所示。

7.利用权利要求1-4、6任一项所述的方法制备的工程菌，其特征在于：所述工程菌为通过将序列如SEQ ID No.1所示的五肽嫁接到假单胞菌UW4趋化受体的C-端而获得的基因编辑假单胞菌UW4。

8.根据权利要求7所述的工程菌，其特征在于：所述假单胞菌UW4趋化受体为不含有或已经敲除与CheR2结合的五肽的假单胞菌UW4趋化受体。

9.权利要求8所述的工程菌的构建方法，其特征在于，步骤为：设计同源片段HRF1序列如SEQ ID No.2所示，与质粒pEX18Gm连接得到pEX18Gm-McpACC+PEKPR，然后先转入大肠杆菌感受态，再通过双亲本杂交转化到UW4中，鉴定成功的即为UW4-1工程菌。

10.权利要求9所述的工程菌的构建方法，其特征在于，步骤为：设计同源片段HRF2序列如SEQ ID No.3所示，与质粒pEX18Gm连接，得到pEX18Gm-Mcp14ΔPEKPR，再通过双亲本杂交转化到权利要求9所构建的UW4-1工程菌中，鉴定成功的即为UW4-2工程菌。