[发明专利]一种检测多种疾病相关基因突变类型的引物组、试剂盒和方法

权利要求书

1.一种检测多种疾病相关基因突变类型的引物组，包含：

1)检测遗传性耳聋的基因突变类型的引物如SEQ ID NO:1-30所示，其中，所述遗传性耳聋的基因突变类型为基因GJB2、GJB3、SLC26A4和12SrRNA的点突变；

2)检测地中海贫血的基因突变类型的引物如SEQ ID NO:31～340所示，其中，所述地中海贫血的基因突变类型为基因HBA1、HBA2、HBB的点突变、短片段插入缺失以及大片段缺失；

3)检测脊髓性肌萎缩症的基因突变类型引物如SEQ ID NO:341～350所示，其中，所述脊髓性肌萎缩症的基因突变类型为SMN1点突变以及SMN1/SMN2基因7、8号外显子拷贝数变异；

4)检测β-actin管家基因的引物如SEQ ID NO:351-352所示。

2.一种同时检测遗传性耳聋、地中海贫血和脊髓性肌萎缩症疾病相关基因突变类型的试剂盒，其包含权利要求1所述的引物组。

3.权利要求2所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包含扩增酶Mix、引物消化液、扩增增强剂、Index引物和纯化磁珠。

4.一种同时检测多种疾病相关基因突变类型的方法，其包含如下步骤：

S1.以样品的全基因组DNA为模板，使用权利要求1所述的引物组在同一反应管内进行靶向超多重PCR扩增，并对扩增片段使用磁珠进行纯化，去掉引物和引物二聚体；

S2.对基于S1获取的扩增片段进行文库构建；

S3.基于S2构建的文库，使用高通量测序法进行测序，利用生物信息学方法，对测序结果进行分析，获得多种基因突变相关疾病的遗传变异信息，进而判断该样本是否具有对应的基因突变类型；

其中，所述疾病为遗传性耳聋、地中海贫血和脊髓性肌萎缩症；

其中，所述遗传性耳聋的基因突变类型为基因GJB2、GJB3、SLC26A4和12SrRNA的点突变；

其中，所述地中海贫血的基因突变类型为基因HBA1、HBA2、HBB的点突变、短片段插入缺失以及大片段缺失；

其中，所述脊髓性肌萎缩症的基因突变类型为SMN1点突变以及SMN1/SMN2基因7、8号外显子拷贝数变异。

5.根据权利要求4所述的方法，其中，所述S3还包含如下步骤：

S31：使用高通量测序仪对文库进行测序，获得原始测序数据；

S32：将步骤S31测得的原始测序数据进行基本质控，包含过滤测序接头和低质量碱基，获得有效数据，使用BWT算法软件将有效数据与人参考基因组进行比对，获得具有碱基位置的比对信息文件；

S33：基于步骤S32获得的比对信息文件，将比对信息文件拆分成两部分，分别为常染色体比对信息文件和线粒体基因组比对信息文件；根据所述常染色体比对信息文件，使用贝叶斯算法检测常染色体SNP、INDEL突变；通过对所述线粒体基因组比对信息文件的结果打分、排序、过滤获得线粒体SNP突变信息。