[发明专利]一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法

说明书

本发明公开了一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法。本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法。本发明的鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的方法包括如下步骤：S1)、提取待测样品的基因组DNA(双链DNA)；S2)、对基因组DNA进行测序，得到测序结果；S3)、将测序结果与鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针进行序列比对，根据序列比对结果确定或辅助确定待测样品是否为牛布鲁氏杆菌或是否含有牛布鲁氏杆菌。本方法可以快速简便高效地鉴定出该样品是否含有牛布鲁氏杆菌。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法。

背景技术

布鲁氏杆菌(Brucella)是一种兼性胞内寄生的革兰氏阴性细菌，能够引起人兽共患的慢性传染性疾病-布鲁氏杆菌病(Brucellosis，简称布病)。布病会引起牛、猪、羊等家畜的流产，引起人类的高热病，损害人、畜的生殖系统和关节，对畜牧业的发展以、人类健康和公共卫生产生了较大的危害，是世界上分布最广的人畜共患病。人类感染布病主要是接触了患布病的家畜或者食用了各种被病菌污染的食品或动物产品。布鲁氏杆菌病在《中华人民共和国传染病防治法》规定为乙类传染病，布鲁氏杆菌具有高度的感染性，被认为是潜在的生物武器。

根据布鲁氏杆菌的生化特性、对自然宿主的选择性和致病性，将布鲁氏杆菌属主要分为6个种，分别为羊种(Brucella melitensis)、牛种(Brucella abortus)、猪种(Brucella suis)、沙林鼠种(Brucella neotomae)、犬种(Brucella canis)和绵羊附睾种(Brucella ovis)。传统的布鲁氏杆菌分种方法是依据表型技术及其初始分离宿主进行区分，存在工作量大、速度慢等缺点；分子生物学方法则是利用其遗传标志进行鉴别区分，具有简单和快速的特点，目前单对引物尚无法区分不同种属的布鲁氏杆菌，需要采用多重PCR进行不同种属类型的鉴定。

随着测序技术的发展，越来越多的布鲁氏杆菌获得了全基因组序列。从比较基因组学的角度出发，在全基因组范围内对不同种属的布鲁氏杆菌进行结构差异及相似成度分析，筛选特异性片段，为种属鉴别提供特异性序列，从而更好地区分不同种属的布鲁氏杆菌。

发明内容

本发明所要解决的主要问题是如何鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌。

为了解决上述问题，本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的方法。

本发明提供的鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的方法，所述方法包括如下步骤：

S1)、提取待测样品的基因组DNA(双链DNA)；

S2)、对所述基因组DNA进行测序，得到测序结果；

S3)、将所述测序结果与鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针进行序列比对，根据序列比对结果确定或辅助确定待测样品是否为牛布鲁氏杆菌或是否含有牛布鲁氏杆菌；

如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中含有所述特异性探针中任一种探针，该待测样品为牛布鲁氏杆菌或含有牛布鲁氏杆菌；如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中不含有所述特异性探针，该待测样品为非牛布鲁氏杆菌或不含有牛布鲁氏杆菌；

所述特异性探针包含名称为探针1至探针28的28种单链DNA至少一种：

探针1含有SNP(单核苷酸多态性)位点1，所述SNP位点1为序列1的第100位核苷酸且该核苷酸为T；

探针2含有SNP(单核苷酸多态性)位点2，所述SNP位点2为序列2的第100位核苷酸且该核苷酸为T；

探针3含有SNP(单核苷酸多态性)位点3，所述SNP位点3为序列3的第100位核苷酸且该核苷酸为T；