[发明专利]基于单分子测序的融合基因检测的方法

权利要求书

1.基于单分子测序的融合基因检测的方法，其特征在于，包括：

步骤1：对样本进行核酸提取；

步骤2：设计单分子的探针，在每个exon连接处往左右各延伸一条探针，若exon长度大于1000dp，则在该exon中间增加一条探针；

步骤3：使用探针对核酸进行RNA反转录，得到转录组；

步骤4：构建单分子文库；

步骤5：对转录组进行靶向富集和捕获；

步骤6：对进行靶向富集和捕获后的转录组进行上机测序；

步骤7：收集步骤6上机测序后产出的数据，得到单分子的reads，进行分析，得出结论。

2.根据权利要求1所述的基于单分子测序的融合基因检测的方法，其特征在于，步骤4中，构建单分子文库的方法为：加入4种游离的核苷酸，所述4种游离的核苷酸为ATP、TTP、GTP和CTP，加入DNA聚合酶，在DNA聚合酶的作用下4种游离的核苷酸为转录组填补缺口，用PCR对转录组进行扩增，此时的PCR扩增产物即为单分子文库。

3.根据权利要求1所述的基于单分子测序的融合基因检测的方法，其特征在于，步骤7中的分析过程包括：

S7.1：对单分子的reads进行质控，取出低质量的reads；

S7.2：将单分子的reads与转录组的单分子文库进行对比；

S7.3：寻找并记录断点；

S7.4：没有比对到单分子文库上的，使用kmer算法寻找融合基因和断点；

S7.5：汇总S7.3和S7.4的结果，得出计算出基因融合概率。

4.根据权利要求3所述的基于单分子测序的融合基因检测的方法，其特征在于，S7.4中的kmer算法包括：

S1：将单分子的reads按照100bp的kmer进行滑窗比对；

S2：若单分子的reads的所有kmer都比对一个基因，则滤掉，若单分子的reads的所有kmer能够匹配两个不通的基因时，这个单分子的reads存在基因融合现象，进行记录；

S3：计算并记录下的断点的基因融合概率。