[发明专利]一种检测白羽肉鸡MHC Ⅰ类基因多态性的方法

说明书

本发明提供了一种检测白羽肉鸡MHCⅠ类基因多态性的方法，能够快速稳定地扩增出白羽肉鸡的MHCⅠ类基因外显子2序列，并通过高通量测序对白羽肉鸡MHC基因进行快速分型；同时通过对金黄色葡萄球菌抗性群体和非抗性群体的分析，获得了与鸡葡萄球菌抗性相关的等位基因；该等位基因能够用于白羽肉鸡葡萄球菌抗性个体的筛选。

技术领域

本发明属于遗传育种技术领域，具体涉及一种检测白羽肉鸡主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)Ⅰ类基因MHC Ⅰ多态性的方法，并提供与鸡禽葡萄球菌抗性相关的等位基因。

技术背景

我国肉鸡商用品种主要包括白羽肉鸡、黄羽肉鸡和小型白羽肉鸡(又称817肉鸡)。相对于白羽肉鸡和黄羽肉鸡，小型白羽肉鸡具有上市体重较小、适合整鸡深加工、肉质适中、雏鸡价格便宜等优势，市场消费量正逐步提高，每年约有8亿的上市数量，约占肉鸡市场出栏量的10％左右。但目前市场上销售的小型白羽肉鸡品种来源混杂，主要是利用快大型白羽肉鸡和高产蛋鸡父母代或商品代鸡进行简单的经济杂交制种，未经过有针对性的系统选育和杂交配套组合试验，生产效率低，制种不规范。上市商品肉鸡普遍存在抗病力差、均匀度低、产肉率低的缺点。

鸡葡萄球菌病是鸡养殖中的常见疾病,由金黄色葡萄球菌或其他葡萄球菌感染引起的疾病，病鸡出现全身症状，精神不振或沉郁，不爱跑动，常呆立一处或蹲伏，两翅下垂，缩颈，眼半闭呈嗜睡状。羽毛蓬松零乱，无光泽。病鸡饮、食欲减退或废绝。少部分病鸡下痢，排出灰白色或黄绿色稀粪。较为特征的症状是，捉住病鸡检查时，可见腹胸部，甚至波及嗉囊周围，大腿内侧皮下浮肿，潴留数量不等的血样渗出液体，外观呈紫色或紫褐色，有波动感，局部羽毛脱落，或用手一摸即可脱掉。其中有的病鸡可见自然破溃，流出茶色或紫红色液体，与周围羽毛沾连，局部污秽，有部分病鸡在头颈、翅膀背侧及腹面、翅尖、尾、脸、背及腿等不同部位的皮肤出现大小不等的出血、炎性坏死，局部干燥结癞，暗紫色，无毛；早期病例，局部皮下湿润，暗紫红色，溶血，糜烂。以上表现是葡萄球菌病常见的病型，多发生于中雏，病鸡在2～5天死亡，快者1～2天呈急性死亡。目前对于鸡葡萄球菌的治疗多采用达龙炎清联合达龙抑支霉抗菌消炎药，但该化学药品的使用常会使病鸡产生严重的应激反应，导致经济价值下降。

MHC是脊椎动物染色体上紧密连锁的高度多态位点组成的遗传区域，是与免疫应答和抗病性密切相关的多基因家族，在脊椎动物适应性免疫中起到至关重要的作用，因此受到遗传学家与免疫学家的极大关注。MHC基因编码的免疫分子特异性地识别并结合细胞内外的抗原肽并将其呈递给T淋巴细胞，引发一系列的免疫应答反应，最终清除抗原完成免疫应答。MHC多态性使得种群能对各种病原体产生相应的免疫应答，适应多变的环境条件，以维持群体的稳定性。

MHC Ⅰ类分子的抗原结合区在外显子2和外显子3编码的α1和α2结构域，这些结构域具有高度多态性。有关研究表明MHC基因与动物的抗病性和易感性密切相关，并且MHC多态性高的个体能够更好的抵抗病毒的入侵。

传统的MHC基因多态性分析多采用SSCP或者一代Sanger测序分型方法，一代Sanger测序分析成本高，测序效率低；SSCP分型虽然灵敏度高，但是只能对已知位点进行分型。近年来，随着高通量测序的快速发展，MHC基因测序分析工作又上升到了新的高度。到目前为止，二代高通量测序对MHC多样性的研究大多局限于雀形目，制约了对其他禽类比较分析的可能性。

目前对于鸡与MHC在疾病抗性中研究最多的动物，研究最多的是MHC与鸡的马力克氏病、沙门氏菌之间的抗性关系；而对于鸡对葡萄球菌(金黄色葡萄球菌)的抗性与MHCⅡ类基因之间的关系并没有相关的研究报道。

发明内容

本发明提供了一种检测白羽肉鸡MHC Ⅰ类基因多态性的方法，能够快速稳定地扩增出白羽肉鸡的MHC Ⅰ类基因外显子2序列，并通过高通量测序对白羽肉鸡MHC基因进行快速分型；同时通过对金黄色葡萄球菌抗性群体和非抗性群体的分析，获得了与鸡葡萄球菌抗性相关的等位基因；该等位基因能够用于白羽肉鸡葡萄球菌抗性个体的筛选。