[发明专利]一种检测白羽肉鸡MHC Ⅰ类基因多态性的方法

权利要求书

1.一种用于检测鸡MHCⅠ类基因多态性的巢式PCR引物组合，其特征在于，所述的引物组合中包含有外引物对和内引物对，其中外引物对包含有核苷酸序列为SEQ ID NO:1的上游引物和核苷酸序列为SEQ ID NO:2的下游引物；

外引物对包含有核苷酸序列为SEQ ID NO:3的上游引物和核苷酸序列为SEQ ID NO:4的下游引物。

2.权利要求1所述的引物组合在检测白羽肉鸡的MHCⅠ类基因多态性中的应用。

3.一种检测白羽肉鸡群体MHCⅠ类基因多态性的方法，其特征在于，所述的方法是使用权利要求1所述的引物组合进行检测。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述的方法包括如下的步骤：

1)对待检测的多个白羽肉鸡的血液样品进行抽提，对提取的基因组DNA使用上述的引物对进行巢式PCR扩增，扩增产物纯化后，使用荧光定量仪进行浓度定量；根据定量的浓度进行混样，多个样本建一个文库，通过末端修复、添加接头以及磁珠纯化完成文库构建，并进行测序；

2)首先对测序数据进行预处理，去除Barcode序列，将得到的原始序列拆分成单个样本数据并去除低质量和接头序列，合并双端序列，识别和切除引物序列；然后将reads聚类，去除线粒体、叶绿体来源序列，合并冗余序列后选择丰度＞1000的序列进行后续数据分析；

3)数据分析采用生物信息学软件Mega对得到的MHC序列进行比对、计算等位基因数目，完成对白羽肉鸡MHC基因分型。

5.一种与白羽肉鸡葡萄球菌抗性相关的MHCⅠ基因型，其特征在于，所述的基因型的序列为SEQ ID NO:5。

6.权利要求5所述的基因型再筛选与白羽肉鸡葡萄球菌抗性相关的亲本中的应用。

7.一种筛选白羽肉鸡葡萄球菌抗性相关的亲本的方法，其特征在于，所述的方法是筛选基因型为SEQ ID NO:5的个体。

8.如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述的方法是对待检测的个体进行PCR扩增，扩增产物进行测序后进行基因型的筛选。

9.如权利要求8所述的方法，其特征在于，所述的PCR扩增，其使用的引物对，是核苷酸序列为SEQ ID NO:3的上游引物和核苷酸序列为SEQ ID NO:4的下游引物。