[发明专利]一种柑橘溃疡病菌鉴定或溯源检测的方法、试剂及应用

说明书

本申请公开了一种柑橘溃疡病菌鉴定或溯源检测的方法、试剂及应用。本申请方法包括获取待测柑橘溃疡病菌七个基因序列，对七个基因序列进行多位点序列分型分析，确定等位基因并编号，将七个基因的等位基因编号串联，作为序列型，将其与参考菌株序列型比较，获得待测菌株溯源信息；参考菌株为已知溯源信息的柑橘溃疡病菌；七个基因为XAC_RS07980、XAC_RS21550、copB、egl、fliL、hrpA和pliY。本申请采用七个适用于柑橘溃疡病菌多位点序列分型的持家基因进行溯源检测，能高分辨率区分不同地理来源菌株，对菌株区域研究、进化、传播、病害流行、防治都具有重要意义，本申请方法能用于柑橘溃疡病菌的鉴定和溯源。

技术领域

本申请涉及柑橘溃疡病菌检测领域，特别是涉及一种柑橘溃疡病菌鉴定或溯源检测的方法、试剂及应用。

背景技术

柑橘是重要的热带和亚热带水果，广泛分布于世界140多个国家和地区，是产量最大的世界第一大水果。柑橘溃疡病是全世界柑橘生产危害最大的病害之一，是国内外植物检疫的重要检测对象。

柑橘溃疡病的病原菌即柑橘溃疡病菌(Xanthomonas citri subsp.citri)。柑橘溃疡病菌有多个菌系和亚种，根据地理分布和致病性的差异，将柑橘溃疡病菌分为5个菌系，即A、B、C、D、E菌系。其中，A菌系起源于亚洲，是侵袭力最强、危害柑桔品种最多、危害范围最广的菌系。研究显示，A菌系本身也存在变异，例如A*菌系和A^W菌系，两个变异菌系分别起源于不同的地区。并且，现有的菌系分化研究显示，不同地区的致病菌，例如A菌系，存在普遍的分化现象。

目前，虽然已经有显微镜诊断、血清学诊断、PCR诊断、DNA探针诊断等多种方法对不同菌系的柑橘溃疡病菌进行检测和诊断；但是，对柑橘溃疡病菌的溯源检测和研究还相对缺乏。

发明内容

本申请的目的是提供一种新的柑橘溃疡病菌溯源鉴定或溯源检测的方法、试剂及应用。

本申请采用了以下技术方案：

本申请的一方面公开了一种柑橘溃疡病菌鉴定或溯源检测的方法，其包括获取待测柑橘溃疡病菌菌株七个基因的序列，对七个基因的序列进行多位点序列分型分析，确定各基因的等位基因并编号，将七个基因的等位基因编号按顺序串联，作为待测柑橘溃疡病菌菌株的序列型，将待测柑橘溃疡病菌菌株的序列型与参考菌株的序列型进行比较，获得待测柑橘溃疡病菌菌株的鉴定或溯源信息；其中，参考菌株为已知溯源信息的柑橘溃疡病菌菌株，参考菌株的序列型为参考菌株的七个基因的等位基因编号按待测柑橘溃疡病菌菌株相同的顺序串联获得的序列型；七个基因为XAC_RS07980、XAC_RS21550、copB、egl、fliL、hrpA和pliY。本申请中，溯源信息包括但不仅限于柑橘溃疡病菌菌株的菌系和起源；本申请通过将待测柑橘溃疡病菌菌株的序列型与参考菌株的序列型进行比较获得待测柑橘溃疡病菌菌株的鉴定或溯源信息，例如，将与待测柑橘溃疡病菌菌株的序列型最近的参考菌株的鉴定或溯源信息赋予待测柑橘溃疡病菌菌株。

本申请采用XAC_RS07980、XAC_RS21550、copB、egl、fliL、hrpA和pliY七个基因对柑橘溃疡病菌进行多位点序列分型(MLST)分析，具有较高的分辨率，能够对柑橘溃疡病菌进行鉴定，对其地理来源进行溯源，对柑橘溃疡病菌的区域多样性研究，以及了解和掌握柑橘溃疡病菌的进化、传播和病害发生流行具有重要意义。采用本申请的方法对柑橘溃疡病菌进行鉴定和溯源分析，能够有效提高柑橘溃疡病的防治效果。

本申请的一种实现方式中，序列型由七个基因的等位基因编号按XAC_RS07980-XAC_RS21550-copB-egl-fliL-hrpA-pliY的顺序串联获得。