[发明专利]一种柑橘溃疡病菌鉴定或溯源检测的方法、试剂及应用在审
| 申请号： | 202211290925.5 | 申请日： | 2022-10-21 |
| 公开（公告）号： | CN115820886A | 公开（公告）日： | 2023-03-21 |
| 发明（设计）人： | 许晓丽;高瑞芳;章桂明;张丹丹;李娜;王颖 | 申请（专利权）人： | 深圳海关动植物检验检疫技术中心 |
| 主分类号： | C12Q1/689 | 分类号： | C12Q1/689;C12N15/11;C12R1/64 |
| 代理公司： | 深圳鼎合诚知识产权代理有限公司 44281 | 代理人： | 李小焦;彭家恩 |
| 地址： | 518000 广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 柑橘 溃疡 病菌 鉴定 溯源 检测 方法 试剂 应用 | ||
1.一种柑橘溃疡病菌鉴定或溯源检测的方法，其特征在于：包括获取待测柑橘溃疡病菌菌株七个基因的序列，对七个基因的序列进行多位点序列分型分析，确定各基因的等位基因并编号，将七个基因的等位基因编号按顺序串联，作为待测柑橘溃疡病菌菌株的序列型，将待测柑橘溃疡病菌菌株的序列型与参考菌株的序列型进行比较，获得待测柑橘溃疡病菌菌株的鉴定或溯源信息；
所述参考菌株为已知溯源信息的柑橘溃疡病菌菌株，参考菌株的序列型为参考菌株的七个基因的等位基因编号按待测柑橘溃疡病菌菌株相同的顺序串联获得的序列型；
所述七个基因为XAC_RS07980、XAC_RS21550、copB、egl、fliL、hrpA和pliY。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述序列型由七个基因的等位基因编号按XAC_RS07980-XAC_RS21550-copB-egl-fliL-hrpA-pliY的顺序串联获得。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：还包括种群结构分析，所述种群结构分析包括，将包含2个及以上序列型的分型组看作是1个克隆复合体；聚类时，在1个克隆复合体中定义了一个祖先序列型，将祖先序列型作为其它序列型进化的基础；各序列型与祖先序列型之间通过直线相连，直线的长短表示同源关系的远近；以此获得待测柑橘溃疡病菌菌株与参考菌株的种群结构；
优选的，序列型之间只存在1个等位基因编号差异的称作单位点变异，存在2个等位基因编号差异的称作双位点变异，不划分在任何1个克隆复合体内的序列型定义为单体。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：还包括将七个基因的序列按XAC_RS07980-XAC_RS21550-copB-egl-fliL-hrpA-pliY的顺序拼接，获得分析序列，采用待测柑橘溃疡病菌菌株与参考菌株的分析序列构建系统发育树；
优选的，所述系统发育树的构建方法为最大似然法和/或邻接法。
5.根据权利要求1-4任一项所述的方法，其特征在于：还包括对待测柑橘溃疡病菌菌株和参考菌株进行全基因组SNP位点聚类分析；
优选的，所述全基因组SNP位点聚类分析包括，将待测柑橘溃疡病菌菌株和参考菌株的SNP位点分别按照相同的顺序串联起来，作为各菌株的分析序列，基于各菌株全基因组SNP位点的分析序列构建系统发育树。
6.一种柑橘溃疡病菌鉴定或溯源检测的试剂，其特征在于：包括扩增柑橘溃疡病菌七个基因的引物组合，所述七个基因为XAC_RS07980、XAC_RS21550、copB、egl、fliL、hrpA和pliY。
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