[发明专利]基于序列编解码的抗体人源化方法

权利要求书

1.一种基于序列编解码的抗体人源化方法，其特征在于，包括：

获取人体内的抗体分子的基因序列；

将所述抗体分子的基因序列通过训练完成的基于转换器的上下文编码器以得到多个基因表达特征向量，并将所述多个基因表达特征向量进行级联以得到抗体分子全局基因特征向量；

将所述抗体分子的基因序列通过训练完成的多尺度邻域特征提取模块以得到多尺度邻域抗体分子特征向量；

将所述抗体分子全局基因特征向量和所述多尺度邻域抗体分子特征向量进行级联以得到抗体分子基因特征向量；

获取改造后兔源抗体的基因序列；

通过所述基于转换器的上下文编码器和所述多尺度邻域特征提取模块对所述改造后兔源抗体的基因序列进行处理以得到改造后兔源抗体基因特征向量；

计算所述改造后兔源抗体基因特征向量相对于所述抗体分子基因特征向量的转移矩阵作为分类特征矩阵；以及

将所述分类特征矩阵通过训练完成的分类器以得到类概率值，所述类概率值表示改造后兔源抗体与人体内的抗体分子的同源度。

2.根据权利要求1所述的基于序列编解码的抗体人源化方法，其特征在于，所述将所述抗体分子的基因序列通过训练完成的多尺度邻域特征提取模块以得到多尺度邻域抗体分子特征向量，包括：

将所述抗体分子的基因序列输入所述多尺度邻域特征提取模块的第一卷积层以得到第一邻域尺度抗体分子特征向量，其中，所述第一卷积层具有第一长度的第一一维卷积核；

将所述抗体分子的基因序列输入所述多尺度邻域特征提取模块的第二卷积层以得到第二邻域尺度抗体分子特征向量，其中，所述第二卷积层具有第二长度的第二一维卷积核，所述第一长度不同于所述第二长度；以及

将所述第一邻域尺度抗体分子特征向量和所述第二邻域尺度抗体分子特征向量进行级联以得到所述多尺度邻域抗体分子特征向量。

3.根据权利要求2所述的基于序列编解码的抗体人源化方法，其特征在于，所述将所述抗体分子的基因序列输入所述多尺度邻域特征提取模块的第一卷积层以得到第一邻域尺度抗体分子特征向量，包括：

使用所述多尺度邻域特征提取模块的第一卷积层以如下公式对所述抗体分子的基因序列进行一维卷积编码以得到第一邻域尺度抗体分子特征向量；

其中，所述公式为：

其中，a为第一卷积核在x方向上的宽度、为第一卷积核参数向量、为与卷积核函数运算的局部向量矩阵，w为第一卷积核的尺寸，X表示所述抗体分子的基因序列。

4.根据权利要求3所述的基于序列编解码的抗体人源化方法，其特征在于，所述将所述抗体分子的基因序列输入所述多尺度邻域特征提取模块的第二卷积层以得到第二邻域尺度抗体分子特征向量，包括：

使用所述多尺度邻域特征提取模块的第二卷积层以如下公式对所述抗体分子的基因序列进行一维卷积编码以得到所述第二邻域尺度抗体分子特征向量；

其中，所述公式为：

其中，b为第二卷积核在x方向上的宽度、为第二卷积核参数向量、为与卷积核函数运算的局部向量矩阵，m为第二卷积核的尺寸，X表示所述抗体分子的基因序列。

5.根据权利要求4所述的基于序列编解码的抗体人源化方法，其特征在于，所述计算所述改造后兔源抗体基因特征向量相对于所述抗体分子基因特征向量的转移矩阵作为分类特征矩阵，包括：

以如下公式计算所述改造后兔源抗体基因特征向量相对于所述抗体分子基因特征向量的转移矩阵作为所述分类特征矩阵；

其中，所述公式为：

=

其中表示所述改造后兔源抗体基因特征向量，表示所述抗体分子基因特征向量，表示所述分类特征矩阵，表示矩阵相乘。