[发明专利]与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明涉及分子标记技术领域，具体公开了与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及其应用。本发明的与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记，其含有如SEQ ID NO.1所示序列第100位多态性为A/G的核苷酸序列。所述SNP分子标记具有第100位的多态性的位点的基因型为AA或GA，对应于绵羊产羔数多；基因型为GG，对应于绵羊产羔数少。本发明可依据GNAQ的基因型信息判断绵羊是否为多胎品种，为绵羊的大规模分子育种提供理论依据。

技术领域

本发明涉及分子标记技术领域，具体地说，涉及与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

母羊的产羔数是衡量绵羊繁殖力的重要指标,因此,提高绵羊的产羔数对发展养羊业十分重要。绵羊的产羔性状是微效多基因控制的数量性状,通过与数量性状位点相连锁的分子标记实现对基因型的直接选择,将传统选育方法和现代分子育种方法相结合运用于育种实践,将会极大地提高选择效率,进一步提高绵羊繁殖性能。策勒黑羊一般性成熟比其他绵羊早。公羊在四个月龄左右性成熟，母羊在四、五个月龄性成熟，发情周期一般在15-17天，发情持续期2-3天，怀孕期一般148-149天，1周岁后即可参加配种，产后发情时间为20-30天，平均产羔率为215％(祁成年et al.,2006)。

GNAQ基因位于绵羊2号染色体上，含有7个外显子，编码区共1080bp，编码359个氨基酸。GNAQ是组成G蛋白的一种α亚基，编码Gaq蛋白。Gilman在1987年第一次发现G蛋白，确定其在信号传递过程中起关键作用(Gilman,1987)。G蛋白的信号转导功能主要取决于α亚基，根据α亚基不同功能可将其分为Gs,Gq,Gi,和G12/134类。Gq包含了Gaq、Ga11、Ga14、Ga15等亚型(StrathmannSimon,1990)。GNAQ基因是miR-200b的靶基因，miR-200b通过抑制GNAQ基因表达量，引起其下游基因ITPR、PRKCB和MAP3K1基因显著上调，发情相关基因GPR54、KISS1和GnRH显著上调。推测，miR-200b可能通过调控GNAQ基因进而影响发情过程(于要升et al.,2016)。然而，关于GNAQ基因与绵羊产羔数之间的关系还未见报道。

传统的基因型检测方法，大多采用PCR-RFLP(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)和PCR-SSCP(polymerase chainreaction-single strand conformation polymorphism)检测方法，这些方法步骤繁琐，不能批量检测，人工成本过高。因此，仍有待于对检测方法的改进。

发明内容

本发明的目的是提供一种与绵羊产羔数相关的新的SNP分子标记及其应用。

本发明通过对54只策勒黑羊与26只和田羊进行简化基因组测序，使用Fst(前5％)值和π值(前5％和后5％)筛选SNP并获得一些基因，其中包括GNAQ基因，并进一步对其进行研究，挖掘出与棉羊产羔数相关的SNP位点。

第一方面，本发明提供的与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记，其含有如SEQ IDNO.1所示序列第100位多态性为A/G的核苷酸序列。

所述SNP分子标记具有第100位的多态性的位点的基因型为AA或GA，对应于绵羊产羔数多；基因型为GG，对应于绵羊产羔数少。

本发明提供的分子标记，其含有GNAQ基因上的一个SNP位点，该SNP位点为绵羊2号染色体上的第62677376bp位点(NC_040253.1，参考基因组版本：Oar rambouillet v1.0)，该SNP位点存在G/A突变，与棉羊多羔性状具有显著相关性。

第二方面，本发明提供用于扩增上述SNP分子标记的引物组合，其包括正向引物、反向引物和延伸引物，所述正向引物、反向引物和延伸引物的核苷酸序列分别如SEQ IDNO.2-4所示。