[发明专利]一种基于R平台的全基因下游分析工具

权利要求书

1.一种基于R平台的全基因下游分析工具，其特征在于，所述工具包括：

数据读取及展示模块，用于对输入数据的压缩包进行解压、读取及展示；其中，所述输入数据的压缩包包括全基因组上游分析结果文件，展示的所述输入数据包括Snp数据及Indel数据；

常规分析模块，用于对读取的输入数据进行常规分析；所述常规分析包括Snp+Indel突变数统计、Snp Heatmap分析、Snp所有突变类型分析、Snp/Indel各样本重复交叉分析、以及Snp/Indel圈图分析；

拓展分析模块，用于对读取的输入数据进行拓展分析；所述拓展分析包括Snp/Indel突变位置分析、各分组样本突变基因统计分析、各分组样本突变基因统计热图分析、以及各分组样本突变基因GO/KEGG富集分析；

结果输出模块，用于对进行常规分析及拓展分析的输入数据，进行结果输出。

2.根据权利要求1所述的基于R平台的全基因下游分析工具，其特征在于，所述Snp+Indel突变数统计包括：

将Snp数据及Indel数据分开统计分析，得到Snp数据及Indel数据中不同分组的样本；

对Snp数据及Indel数据中不同分组的样本进行统计；

根据R平台中的事件响应函数将统计后的数据，进行第一web页面展示；其中，第一Web页面展示包括交互式参数设置部分、柱状图展示部分、以及对应数据展示部分。

3.根据权利要求1所述的基于R平台的全基因下游分析工具，其特征在于，所述SnpHeatmap分析包括：

对Snp数据中不同实验组的重复样本的同类型突变取均值；

通过控件将取均值处理后的Snp数据进行第二Web页面展示；其中，第二Web页面展示包括热图参数设置部分、热图展示部分、以及热图数据展示部分。

4.根据权利要求1所述的基于R平台的全基因下游分析工具，其特征在于，所述Snp所有突变类型分析包括：

将输入数据进行Snp数据分类及Indel数据分类；

对Snp数据中的不同分组的重复样本中的相同的突变类型进行取平均值，并进行统计分析；

通过ggpubr包中的ggbarplot作图函数对取平均值处理后的Snp数据进行作图，并进行第一Web页面展示，所述第一Web页面展示包括参数设置部分、柱状图显示部分、以及数据显示部分。

5.根据权利要求1所述的基于R平台的全基因下游分析工具，其特征在于，所述Snp/Indel各样本重复交叉分析包括：

对单个分组中重复样本的交叉数据进行统计分析；

利用R平台中Venn包中的Venn函数对数据进行分析，并进行第一Web页面展示，所述第一Web页面展示包括参数设置部分、柱状图显示部分、以及数据显示部分。

6.根据权利要求1所述的基于R平台的全基因下游分析工具，其特征在于，所述Snp/Indel圈图分析包括：

在Snp数据及Indel数据中各样本重复交叉分析，分析完之后，对交叉数据中每百万区间的突变数进行统计；

选择分析数据的类型是Snp或Indel；

根据选择后所有实验分组的数据的在shiny平台的Server端进行统计分析，再利用circlize包进行作图分析，并进行第三Web页面展示；其中，第三Web页面展示包括参数设置部分、以及Circos图显示部分。

7.根据权利要求1所述的基于R平台的全基因下游分析工具，其特征在于，所述Snp/Indel突变位置分析包括：

对Snp数据及Indel数据中突变数据的突变位置进行分析；

对不同位置上的不同实验组下的Snp数据及Indel数据中的突变进行分析与第一Web页面展示展示；其中，第一Web页面展示包括交互式参数设置部分、柱状图展示部分、以及对应数据展示部分。