[发明专利]水稻抽穗期QTL qHd1功能标记及其应用

说明书

本发明公开了水稻抽穗期QTL qHd1功能标记及其应用，属于水稻种质资源鉴定及分子生物学技术领域；水稻抽穗期QTL qHd1共显性功能标记包括如下引物：1F：SEQ ID NO.1；2F：SEQ ID NO.2；1R：SEQ ID NO.3；3F：SEQ ID NO.4；3R：SEQ ID NO.5。本发明利用5条引物在同一PCR反应体系中通过常规PCR和琼脂糖凝胶电泳，可准确鉴定出插入型、缺失型、晶4155S型和杂合型基因型，结合品种籼/粳类型亦可鉴定出ZS97型和粳稻型两种单倍型；整个检测过程的操作简单，对不同来源的种质资源的鉴定结果准确性高。

技术领域

本发明涉及水稻种质资源鉴定及分子生物学技术领域，更具体的说是涉及水稻抽穗期QTL qHd1/OsMADS51共显性功能标记及其应用。

背景技术

水稻从播种至抽穗可以划分为两个连续的阶段：即营养生长期(播种至穗起始分化)和生殖生长期(穗起始分化至抽穗)。其中，穗分化阶段基本稳定在35天左右，而营养生长阶段的长短主要决定于品种的“三性”(感光性、感温性与基本营养生长性)，在不同水稻品种间存在广泛变异。对于任何一个具体品种而言，“三性”是一个相互联系的整体，是在特定的育种及栽培条件的影响下形成的，当生长环境的光温条件发生变化时，品种会通过抽穗期的改变以适应环境。因此，对水稻抽穗期相关基因具有重要的研究价值。

前期研究中，我们根据珍汕97(ZS97)和密阳46(MY46)构建的遗传群体鉴定到一个感温性抽穗期QTL qHd1。通过精细定位发现OsMADS51是qHd1的功能基因，在qHd1/OsMADS51(LOC_Os01g69850，http://rice.plantbiology.msu.edu/)的第一内含子上ZS97相对于MY46多了1个9.5kb的大片段插入，使得ZS97型等位基因的表达量显著下降，抽穗延迟。为了实现9.5kb大片段插入的准确鉴定，设计了10个呈连续交叠排列且覆盖整个9.5kb片段的分子标记，如果这10个标记均能扩增出目标长度的产物，则表明被检测材料携带ZS97型等位基因，反之亦然。但利用这10个标记进行品种鉴定时，存在以下三点缺陷：由于缺失型和部分扩增失败样品均无条带，会存在较多的假阳性结果；若该品种与ZS97和MY46的等位基因均不一样，无法进行鉴定；无法将杂合型和ZS97型区分开；每个样品都要进行10次PCR扩增和电泳检测，费时费力成本高。

因此，如何准确、高效地对qHd1/OsMADS51进行不同基因型鉴定成为亟待解决的问题。

发明内容

有鉴于此，本发明提供了水稻抽穗期QTL qHd1功能标记及其应用，可准确、高效地实现不同水稻基因型鉴定。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

水稻抽穗期QTL qHd1功能标记，该共显性功能标记包括如下引物：

1F：5'-ggttttcccatgggtgtgat-3'，SEQ ID NO.1；

2F：5'-acatgcttaacctcatcacct-3'，SEQ ID NO.2；

1R：5'-acaccggtcatgatatgtgc-3'，SEQ ID NO.3；

3F：5'-tacatggggtggccatcata-3'，SEQ ID NO.4；

3R：5'-acttccatgataatgatgaggt-3'，SEQ ID NO.5。

其中，1F、1R对应的扩增产物为228bp，2F、1R对应的扩增产物为314bp，3F、3R对应的扩增产物为417bp。

一种试剂盒，包括上述引物。

上述水稻抽穗期QTL qHd1功能标记或上述试剂盒在水稻种质资源鉴定中的应用。