[发明专利]与中国南方荷斯坦奶牛产奶性状相关的SNP标记及其应用

说明书

本发明提供与中国南方荷斯坦奶牛产奶性状相关的SNP标记及其应用，第一SNP标记位于中国南方荷斯坦奶牛基因组第18号染色体反链上第39037752bp处，碱基为C或T，第一SNP标记的CC基因型个体的305d奶量极显著高于CT基因型个体和TT基因型个体，总奶量和高峰奶均显著高于CT基因型个体和TT基因型个体；第二SNP标记位于中国南方荷斯坦奶牛基因组第18号染色体反链上第39037665bp处，碱基为G或A，第二SNP标记的GG基因型个体总奶量和高峰奶均显著高于GA基因型个体。本发明提供的两个SNP位点丰富了奶牛育种的分子标记遗传资源库，利用其进行分子标记辅助选择有利于提高中国南方荷斯坦奶牛的产奶量，同时也不会影响中国南方荷斯坦奶牛的繁殖性状。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，特别涉及两个与中国南方荷斯坦奶牛产奶性状相关的SNP标记及其应用。

背景技术

相较于北方地区，我国南方地区具有地形地貌复杂、气候高温高湿、人口相对密集等地理气候特征，这些特征在资金、土地、气候和人工等多个方面制约着通过扩大饲养规模来提高产奶总量的发展模式。此外，我国南方地区长期以来对奶牛选育种工作的重度不够，奶牛总体上存在着良种数量少、单产水平不高、种群资源复杂、遗传素质较差等问题。因此，通过改良奶牛品种，培育本土的高产奶牛群体来提高产奶量，是帮助奶企提高收益，进而推进我国奶牛产业发展的关键途径。

随着分子生物学技术的飞速发展，分子遗传标记和标记辅助选择在畜禽育种中得到了越来越广泛的研究。目前，应用较广泛的分子遗传标记有：限制性片段长度多态性标记(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP)、随机引物扩增多态性DNA标记(Random Amplified Polymorphism DNA，RAPD)、扩增片段长度多态性标记(AmplifiedFragment Length Polymorphism，AFLP)、单核苷酸多态性标记(Single NucleotidePolymorphism，SNP)等。其中，SNP标记具有遗传稳定、突变率低、便于自动化检测等优点，因此开发与奶牛产奶性状相关的SNP遗传标记将有力推进高产奶牛品种(系)的培育工作。

Snapshot技术是一种新型的测序技术。该技术基于荧光标记单碱基延伸原理，使用引物扩增目标SNPs所在的片段，扩增产物经纯化后作为单碱基延伸的模板，使用测序酶、四种具有荧光标记的ddNTP和5’-端紧靠SNP位点的延伸引物进行PCR反应，引物延伸一个碱基即终止，经测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。该技术具有分型准确、通量高、检测速度快、不受SNP位点多态性特性限制和样本个数限制等优点。

在奶牛育种的过程中，通过寻找与奶牛产奶量相关的关键基因，并筛选到与提高产奶量密切相关的SNP标记进行育种，可以实现早期选种和提高育种准确性，从而加快遗传育种进程，从根本上提高奶牛的产奶性能，促进我国奶牛产业持续健康发展，然而，目前与中国南方荷斯坦奶牛产奶性状相关的SNP标记较少，基因库匮乏。

发明内容

本发明实施例提供两个与中国南方荷斯坦奶牛产奶性状相关的SNP标记及其应用，以解决相关技术中缺乏与中国南方荷斯坦奶牛产奶性状相关的SNP标记的问题。

第一方面，本发明提供了两个与中国南方荷斯坦奶牛产奶性状相关的SNP标记，第一SNP标记位于中国南方荷斯坦奶牛基因组第18号染色体反链上39037752bp处，碱基为C或T，第一SNP标记的CC基因型个体的305d奶量极显著高于CT基因型个体和TT基因型个体，总奶量和高峰奶均显著高于CT基因型个体和TT基因型个体；第二SNP标记位于中国南方荷斯坦奶牛基因组第18号染色体反链上39037665bp处，碱基为G或A，第二SNP标记的GG基因型个体总奶量和高峰奶均显著高于GA基因型个体。

第二方面，本发明提供了用于检测上述SNP标记的引物对：