[发明专利]评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集、筛选方法、预后生存风险评分模型

说明书

本发明提供了一组评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集及其筛选方法、预后风险评估模型；属于癌症预后风险评估技术领域；所述评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集，包括以下基因：S100A10、IGFBP1、SLC52A1、KREMEN2、SCPEP1、COL4A3、GSTM2、STRAP、PCDH7、PAK2、CYP4B1、MTUS1、ESPL1、PRRX2、TTK、COL4A4、CCR7、NPC2和SKA1。本发明根据上述m6A簇差异基因集构建了生存风险评分模型，为预测NSCLC预后提供了新的见解。

技术领域

本发明属于肿瘤预后评估技术领域，尤其涉及一组评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集及其筛选方法、预后生存风险评分模型。

背景技术

肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因。非小细胞肺癌(NSCLC)约占肺癌总发病率的80～85％。尽管在癌症研究中分子免疫疗法和靶向疗法已经很常见。但NSCLC患者的五年生存率仍然很低(18％)。因此，迫切需要提高NSCLC的预后和免疫治疗效果预测。探索RNA修饰的技术表明，其中一些修饰存在于某些信使RNA(mRNA)。m6A修饰参与多种功能，包括肿瘤发生。在RNA修饰中，m6A修饰是最常见的，它参与多种生物学过程，例如癌症干细胞的形成、肿瘤发生和细胞死亡。

但是目前尚没有m6A修饰与非小细胞肺癌预后评估相关模型的报道。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一组评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集及其筛选方法、预后生存风险评分模型。

本发明提供了一组评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集，其特征在于，包括以下基因：S100A10、IGFBP1、SLC52A1、KREMEN2、SCPEP1、COL4A3、GSTM2、STRAP、PCDH7、PAK2、CYP4B1、MTUS1、ESPL1、PRRX2、TTK、COL4A4、CCR7、NPC2和SKA1。

本发明提供了利用所述的评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集构建的非小细胞肺癌预后生存风险评分模型，所述模型为生存风险评分＝(0.1543)×S100A10的表达+(0.0926)×IGFBP1的表达水平+(-0.1585)×SLC52A1的表达水平+(0.0512)×KREMEN2的表达水平+(-0.0787)×SCPEP1的表达水平+(0.1195)×COL4A3的表达水平+(-0.0915)×GSTM2的表达水平+(0.1032)×STRAP的表达水平式+(0.0693)×PCDH7的表达水平+(0.1389)×PAK2的表达水平+(0.0437)×CYP4B1的表达水平+(-0.0950)×MTUS1的表达水平+(0.1204)×ESPL1的表达水平+(0.0690)×PRRX2的表达水平+(-0.1307)×TTK的表达水平+(-0.1181)×COL4A4的表达水平+(-0.0965)×CCR7的表达水平+(-0.0891)×NPC2的表达水平+(0.0806)×SKA1的表达水平。

本发明提供了检测所述的评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集表达的试剂盒在制备非小细胞肺癌患者总体生存率诊断或辅助诊断产品中的应用。

本发明还提供了所述的评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集的筛选方法，包括以下步骤：

1)在数据库中下载非小细胞肺癌患者的临床数据及癌组织和癌旁正常组织的RNA-Seq转录组数据、体细胞突变数据和CNV数据；

2)从步骤(1)获得的转录组数据中提取m6A相关调控因子，对提取的m6A相关调控因子进行无监聚类分析获得m6A相关调控因子的分型；对分型后的m6A相关调控因子再次进行取交集后的基因分型；

3)分析不同分型的m6A相关调控因子在非小细胞肺癌患者的癌组织和癌旁正常组织的表达差异；