[发明专利]评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集、筛选方法、预后生存风险评分模型

权利要求书

1.一组评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集，其特征在于，包括以下基因：S100A10、IGFBP1、SLC52A1、KREMEN2、SCPEP1、COL4A3、GSTM2、STRAP、PCDH7、PAK2、CYP4B1、MTUS1、ESPL1、PRRX2、TTK、COL4A4、CCR7、NPC2和SKA1。

2.利用权利要求1所述的评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集构建的非小细胞肺癌预后生存风险评分模型，其特征在于，所述模型为生存风险评分＝(0.1543)×S100A10的表达+(0.0926)×IGFBP1的表达水平+(-0.1585)×SLC52A1的表达水平+(0.0512)×KREMEN2的表达水平+(-0.0787)×SCPEP1的表达水平+(0.1195)×COL4A3的表达水平+(-0.0915)×GSTM2的表达水平+(0.1032)×STRAP的表达水平式+(0.0693)×PCDH7的表达水平+(0.1389)×PAK2的表达水平+(0.0437)×CYP4B1的表达水平+(-0.0950)×MTUS1的表达水平+(0.1204)×ESPL1的表达水平+(0.0690)×PRRX2的表达水平+(-0.1307)×TTK的表达水平+(-0.1181)×COL4A4的表达水平+(-0.0965)×CCR7的表达水平+(-0.0891)×NPC2的表达水平+(0.0806)×SKA1的表达水平。

3.检测权利要求1所述的评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集表达的试剂盒在制备非小细胞肺癌患者总体生存率诊断或辅助诊断产品中的应用。

4.权利要求1所述的评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)在数据库中下载非小细胞肺癌患者的临床数据及癌组织和癌旁正常组织的RNA-Seq转录组数据、体细胞突变数据和CNV数据；

2)从步骤(1)获得的转录组数据中提取m6A相关调控因子，对提取的m6A相关调控因子进行无监聚类分析获得m6A相关调控因子的分型；对分型后的m6A相关调控因子再次进行取交集后的基因分型；

3)分析不同基因分型的m6A相关调控因子在非小细胞肺癌患者的癌组织和癌旁正常组织的表达差异；

4)根据步骤3)确定的不同分型的m6A相关调控因子在非小细胞肺癌患者的癌组织和癌旁正常组织的表达差异以及和患者的完整生存信息数据进行单变量和多变量Cox回归分析，获得评估非小细胞肺癌预后生存风险的m6A簇差异基因集。

5.根据权利要求4所述的筛选方法，其特征在于，步骤1)所述数据库为GEO数据库、TCGA和UCSC-Xena；收集获得2个NSCLC队列：(GSE50081、GSE68465)和(TCGA-LUSC、TCGA-LUAD)。

6.根据权利要求5所述的筛选方法，其特征在于，步骤2)所述的无监聚类分析采用ConsensuClusterPlus包用于执行。

7.根据权利要求4所述的筛选方法，其特征在于，步骤3)中不同分型的m6A相关调控因子的表达差异采用“limma”包进行。