[发明专利]扩增HIV-1 pol-env部分片段鉴定重组毒株的引物组合物及其应用

说明书

本发明公开了一种扩增HIV‑1pol‑env部分片段鉴定HIV‑1毒株的方法及其专用引物组合物。本发明提供的引物组合物，由序列表的序列1所示DNA、序列表的序列2所示DNA所示DNA、序列表的序列3所示DNA和序列表的序列4所示DNA组成。本发明可应用于HIV‑1毒株重组热点区域pol‑env部分片段序列(HXB2：4800‑6400)的扩增及鉴定、HIV‑1纯亚型毒株、重组毒株及二代重组毒株的鉴定和单一HIV‑1pol区1.3kb短片段(HXB2：2253‑3550)HIV‑1毒株鉴定分析所致的毒株错误分型的纠正。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种扩增HIV-1 pol-env部分片段鉴定重组毒株的方法及其专用引物组合物。

背景技术

人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)是引起人类获得性免疫缺陷综合征(Acquired immunodeficiency syndrome，AIDS)的病原体，艾滋病的疫情形势依然严峻。

HIV-1具有高度的基因多态性，且重组频发。自1990年以来，全球HIV-1重组毒株引起的感染已经从9.3％(1990-1999年)快速上升到22.8％(2010-2015年)，截至目前，共发现流行重组型毒株(Circulating Recombinant Form，CRFs)118种，独特重组型毒株(UniqueRecombinant Form,URFs)数百种。中国在内的东亚地区位居全球首位占80.5％(2010-2015)。我国已经发现了HIV-1的A、B/B’、C、D、F等亚型毒株，以及CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、CRF55_01B、CRF59_01B等基因重组型毒株，是HIV-1亚型最复杂的国家之一，其中，四种主要流行毒株为CRF07_BC (41％)、CRF01_AE(33％)、CRF08_BC(11％)和CN.B’(4％)亚型，占我国 HIV-1感染者总数的89％。

2006年第三次全国HIV-1分子流行病学调查、2016年第四次全国HIV-1分子流行病学调查以及2018年全国HIV基因亚型监测结果显示，CRF07_BC已成为中国第一大流行的毒株，占比分别为36％、41％、39.7％；而CRF01_AE作为中国第二大流行的毒株，在这三次调查中，占比分别为28％、33％、36.9％。近年来诸如CRF80_0107、 CRF102_0107、CRF104_0107、CRF109_0107、CRF113_0107和CRF117_0107等 CRF07_BC的二代重组毒株也不断涌现。CRF07_BC毒株全长基因组序列分析表明，仅以HIV-1 pol区1.3kb短片段序列鉴定为CRF07_BC的毒株中，存在20％左右的未被发现的CRF07_BC二代重组毒株(URFs，或潜在的CRFs)，其中大部分为CRF01_AE 与CRF07_BC的二代重组毒株(CRF01_AE/CRF07_BC)。

全长基因组序列的获得，对于HIV-1重组型毒株的准确鉴定具有非常重要的意义，但由于序列长(约9.8kb)且突变频发，全长基因组扩增的阳性率仅为50％左右(数据未公开)，且测序成本较高。因此，针对HIV-1毒株的重组热点，设计出相对保守的、适用于多种我国主要流行的重组型毒株亚型鉴定引物，是HIV重组毒株流行特征研究的关键，有助于揭露我国HIV-1重组毒株的实际流行情况，为重组毒株的进一步研究提供新的参考。

发明内容

本发明一个目的是提供成套引物。

本发明提供的成套引物，包括引物组1；

所述引物组1由引物1、引物2、引物3和引物4组成；

所述引物1的核苷酸序列为序列表的序列1或将序列1至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；

所述引物2的核苷酸序列为序列表的序列2或将序列2至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；