[发明专利]一种水稻富硒性状紧密连锁分子标记及应用

说明书

本发明涉及水稻分子生物学及遗传育种技术领域，具体涉及一种水稻富硒性状紧密连锁分子标记及应用。所述分子标记位于水稻第6号染色体，通过引物对1和引物对2扩增得到，获得的目标扩增产物为137～139bp的片段、127～129bp的片段、119～121bp的片段和131～133bp的片段中的任意两个。通过本发明提供的分子标记对水稻富硒性状主要关联区域具有很好的鉴别效果，鉴别方法简单，在常规的分子生物学实验室即可实现。且本发明提供的分子标记可以筛选富硒水稻种质资源或选育富硒水稻新品种，快速筛选出具有富硒基因的水稻品种。

技术领域

本发明涉及水稻分子生物学及遗传育种技术领域，具体涉及一种水稻富硒性状紧密连锁分子标记及应用。

背景技术

硒(Se)作为生态环境中重要的一种微量元素，具有抗衰老、抗癌和解毒等多种作用，被世界卫生组织和中华医学会定为二十一世纪继碘、锌后必补的第三大微量营养保健元素。市场上富含硒的产品大多价格很高，超出了消费者的购买力，若通过经常食用的一种谷类作物，如水稻，能够补充硒的日常摄取量，且该谷类作物的培育与种植成本又相对低廉，就可以满足消费者对其产品的消费需求。

利用富硒种质资源，培育富硒水稻品种，是提高大米硒含量的理想途径，但传统杂交选育方法育种进度很慢，而且富硒性状需要专门仪器检测，育种过程中不便观测表型。

因此，如何对富硒种质资源的富硒性状相关基因进行定位，开发紧密连锁的分子标记，成为当下需要研究的课题。

发明内容

为了解决上述问题，本发明定位获得了一个与水稻富硒性状关联的主效数量性状基因座(QTL)，开发了与QTL紧密连锁的分子标记，应用该分子标记可以通过分子标记辅助选择(MAS)将该QTL快速转移到优质栽培品种中，提高水稻的硒富集能力，增加稻米中的硒含量，有利于富硒水稻育种技术的应用推广。

本发明提供了一种水稻富硒性状紧密连锁分子标记，所述分子标记位于水稻第6号染色体，通过引物对1和引物对2扩增得到，获得的目标扩增产物为137～139bp的片段、127～129bp的片段、119～121bp的片段和131～133bp的片段中的任意两个，其中，引物对1的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；引物对2的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，反向引物的核苷酸序列如SEQID NO.4所示。

所述水稻富硒性状紧密连锁分子标记通过如下方法得到：

利用富硒品种水稻品种‘乌严粳’，与低硒水稻品种‘金泰软占’，杂交获得F1代，‘乌严粳’由中国水稻研究所提供，‘金泰软占’由江西省农科院水稻所提供，自交构建F2群体，收获各单株稻谷，检测糙米硒含量，将硒含量最高的30个单株的叶片提取完整核DNA混合组成极端富硒基因池，硒含量最低的30个单株的叶片提取完整核DNA混合组成极端低硒基因池，将两个极端池、乌严粳完整核DNA、金泰软占完整核DNA，采用重测序-BSA法进行基因定位，通过检测4个样品池的SNP、InDel突变频率，统计分析进行定位，结果获得第6号染色体20800000～23350000bp区间为富硒性状主要关联区域。

对‘乌严粳’和‘金泰软占’基因组进行重测序，获得两亲本的插入或缺失突变位点，在突变位点两端设计引物，PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳验证扩增产物的差异，获得位于‘乌严粳’第6号染色体第20872553位的插入或缺失突变位点扩增产物具有良好的差异性，‘乌严粳’中的扩增产物为137～139bp，‘金泰软占’中的扩增产物为119～121bp；获得位于‘乌严粳’的第6号染色体第23347993位的插入或缺失突变位点扩增产物具有良好的差异性，‘乌严粳’中的扩增产物为127～129bp，‘金泰软占’中的扩增产物为131～133bp。