[发明专利]与水稻籽粒暗胚乳性状相关的SSCP分子标记、基因及其应用

说明书

本发明公开了一种与水稻籽粒暗胚乳性状相关的SSCP分子标记、基因及其应用；该SSCP分子标记的碱基序列如SEQ ID NO.1所示，SSCP位点位于扩增片段的第91bp处，碱基差异为A/G。本发明对通过暗胚乳水稻材料de6进行图位克隆，并首次公开了一个与水稻暗胚乳相关联的SSCP1分子标记。该分子标记可用于分子标记辅助选择育种，具有检测效率高、准确性高、方便操作和成本较低的优点。

技术领域

本发明涉及分子生物学与遗传育种技术领域，尤其涉及与水稻籽粒暗胚乳性状相关的SSCP分子标记、基因及其应用。

背景技术

水稻杂交技术的应用已经实现水稻产量大幅度提高，但杂交稻品质却普遍偏低。

稻米的外观品质包括主要包括粒形、垩白和透明度等，食味品质主要包括直链淀粉含量、胶稠度和糊化温度。两者均与稻米胚乳淀粉含量及淀粉颗粒的理化特性相关。调节直链淀粉含量可以培育适口性更好的优质稻米，而提高蛋白质含量可以培育营养价值高的优质稻米。通过挖掘调控直链淀粉含量和蛋白质含量的基因，开发基于目标基因上的分子标记，可以结合分子标记辅助技术，提高水稻品质。这样既可以满足消费者需求，也具有重要的生产意义，适应人们的消费新需求。

因此，水稻暗胚乳相关的分子标记的开发可以快速、精确筛选水稻胚乳和稻米食味品质表型，用于指导分子辅助育种和优质稻米培育。

发明内容

本发明的目的是提供了一种与水稻籽粒暗胚乳性状相关的SSCP分子标记和基因，同时提供了该SSCP分子标记用于筛选水稻籽粒，该SSCP分子标记可应用于筛选水稻籽粒品质的种质资源，同时在水稻遗传育种领域可用于培育籽粒具有暗胚乳性状的水稻新品种。

具体技术方案如下：

本发明提供了一种与水稻籽粒暗胚乳性状相关的SSCP分子标记，所述单链构象多态性(SSCP)分子标记的碱基序列如SEQ ID NO.1所示，野生型和突变体的多态性位点位于扩增片段的第91bp处，碱基差异为A/G。

本发明中暗胚乳的表征为：与正常胚乳相比，水稻籽粒的胚乳呈现半透明，透光性降低且颜色发暗，直链淀粉含量显著降低，总淀粉含量无显著变化，总蛋白质含量显著升高。

进一步地，本发明根据上述SSCP分子标记的位点设计了扩增引物，用于扩增所述SSCP分子标记的引物对序列，如下所示：

上游引物F为：5’-GTGGAGGAAACCGATGGAGA-3’；

下游引物R为：5’-CTAGGCTGGGAACGTTGGG-3’；

扩增产物为158bp，序列如SEQ ID NO.1所示(GTGGAGGAAACCGATGGAG ATGGAGTAGAAACTCAGGGAAGAGGCCACATGCCCTGGCCGTGGCCGCGGCCG GCGGCGACGCGAGAGGTAACATAACATGGCCGTGGGCATTATTCCACTCTTATAT CTAGCGAAATAACCCAACGTTCCCAGCCTAG)，SSCP位点位于扩增片段的第91bp 处。

本发明还提供了OsDE6基因在调控水稻籽粒胚乳品质中的应用，所述OsDE6基因开放阅读框架的碱基序列如SEQ ID NO.2所示。

进一步地，所述水稻籽粒胚乳品质的表征指标为胚乳表型、直链淀粉含量、总淀粉含量和总蛋白质含量。

本发明还提供了一种用于扩增所述SSCP分子标记的引物对，序列如下所示：

上游引物F为：5’-GTGGAGGAAACCGATGGAGA-3’；

下游引物R为：5’-CTAGGCTGGGAACGTTGGG-3’。

本发明还提供了所述的引物对在水稻分子标记辅助育种中的应用。