[发明专利]适于ONT测序平台的用于感样本中鼻病毒检测的靶向区段和引物组及其应用在审
| 申请号: | 202210436541.3 | 申请日: | 2022-04-22 |
| 公开(公告)号: | CN114921588A | 公开(公告)日: | 2022-08-19 |
| 发明(设计)人: | 李珊;李振中;周水莲;潘吾思;程彪;李诗濛;任用 | 申请(专利权)人: | 江苏先声医学诊断有限公司;南京先声医学检验实验室有限公司;北京先声医学检验实验室有限公司 |
| 主分类号: | C12Q1/70 | 分类号: | C12Q1/70;C12N15/11;C12Q1/6869;G16B30/10 |
| 代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
| 地址: | 210023 江苏省南京*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 适于 ont 平台 用于 样本 病毒 检测 靶向 区段 引物 及其 应用 | ||
1.一种适于ONT测序平台的、且用于感染样本中鼻病毒检测的靶序列,其特征在于,所述引靶序列同时包含人鼻病毒的5’NCR和VP基因序列,所述靶序列如SEQ IDNO.15-16所示序列。
2.一种适于ONT测序平台的感染样本中鼻病毒检测的引物组合,其特征在于,所述引物针对人鼻病毒的5’NCR和VP基因序列,所述引物组合包括如下引物:
(1)HRV-A引物:
正向引物:CGGTAMCYTTGTRCGCCWGTT(SEQ ID NO.1);
反向引物:ARDGCATCSGGBARYTTCCACC(SEQ ID NO.2);
(2)HRV-C引物:
正向引物:GKWCAAGYACTTCTGTTTCCC(SEQ ID NO.3);
反向引物:GGTGWTCKTGGAATCCATGCT(SEQ ID NO.4);
其中,M,Y,R,W,S,B,D为简并碱基,遵从简并碱基密码表,M(A/C),K(G/T),Y(C/T),R(A/G),W(A/T),S(G/C),B(G/T/C),D(G/A/T)。
3.根据权利要求2所述的引物组合,其特征在于,所述引物扩增的人鼻病毒的5’NCR和VP基因序列如SEQ ID NO.15-16所示。
4.权利要求2-3任一所述的引物组合,其特征在于,所述(1)HRV-A和(2)HRV-C引物序列分别如下:
HRV-A引物:
正向引物F.1:CGGTAACTTTGTACGCCAGTT(SEQ ID NO.5)
反向引物R.1:AGGGCATCCGGCAATTTCCACC(SEQ ID NO.6)
正向引物F.2:CGGTAACCTTGTACGCCAGTT(SEQ ID NO.7)
反向引物R.2:AGGGCATCCGGTAATTTCCACC(SEQ ID NO.8)
正向引物F.3:CGGTAACTTTGTACGCCAGTT(SEQ ID NO.9)
反向引物R.3:AGTGCATCCGGCAATTTCCACC(SEQ ID NO.10)
HRV-C引物:
正向引物F.4:GGACAAGCACTTCTGTTTCCC(SEQ ID NO.11)
反向引物R.4:GGTGTTCTTGGAATCCATGCT(SEQ ID NO.12)
正向引物F.5:GGTCAAGTACTTCTGTTTCCC(SEQ ID NO.13)
反向引物R.5:GGTGTTCGTGGAATCCATGCT(SEQ ID NO.14)。
5.根据权利要求2-4任一所述引物组合,其特征在于,所述引物能够特异性扩增人鼻病毒基因,同时能够兼容性扩增种属内不同序列的人鼻病毒,保证种属特异和种内兼容。
6.一种适于ONT测序平台的、且用于感染样本中鼻病毒检测的检测试剂盒,其特征在于包含权利要求1-4任一所述引物组合,或权利要求5所述的靶序列。
7.权利要求1-4任一所述的引物组合或权利要求5所述的靶序列在制备适于ONT测序平台的、且用于感染样本中鼻病毒检测的检测试剂盒种的应用。
8.权利要求1-4任一所述的引物组合或权利要求5所述的靶序列在感染样本鼻病毒检测中的应用。
9.一种基于ONT测序平台的感染样本鼻病毒检测方法,其特征在于,包含利用权利要求1-4任一所述引物组合或权利要求6所述试剂盒对感染样本DNA进行扩增的步骤。
10.根据权利要求9所述的检测方法,其特征在于,进一步包括测序和生信分析步骤。
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