[发明专利]检测SARS-CoV-2奥密克戎变异株的组合物、试剂盒、方法及其用途

说明书

本发明属于分子生物学检测领域；具体地，涉及SARS‑CoV‑2的检测；更具体地，涉及检测SARS‑CoV‑2奥密克戎变异株的组合物、试剂盒、方法及其用途。本发明提供了包含所述组合物的试剂盒，所述组合物的用途，以及用于检测SARS‑CoV‑2奥密克戎变异株并分型的方法。通过检测SARS‑CoV‑2奥密克戎变异株的5个不同的特征功能变异位点，对奥密克戎变异株进行分型，从而在单管反应体系中同时实现SARS‑CoV‑2病毒及奥密克戎变异株分型的检测。本发明的组合物成本低，通量高，操作简便，结果读取过程通过熔解峰Tm值即可以判定。检测全过程均在单管封闭条件下进行，避免了假阳性和环境污染。

技术领域

本发明属于分子生物学检测领域；具体地，涉及SARS-CoV-2的检测；更具体地，涉及SARS-CoV-2奥密克戎（Omicron）变异株的检测以及BA.1、BA.2的分型。

背景技术

新型冠状病毒（2019-nCoV，SARS-CoV-2），在2020年2月11日国际病毒分类委员会将该病毒命名为SARS-CoV-2。冠状病毒是一个大型病毒家族，在此之前已知有6种可以感染到人类，如可引起感冒以及中东呼吸综合征（MERS）和严重急性呼吸综合征（SARS）等，而SARS-CoV-2是以前从未在人体中发现的冠状病毒新毒株，该病毒在分类学上属于冠状病毒科（Coronaviridae）冠状病毒属（Coronavirus）中的β类型冠状病毒，具有囊膜和刺突细胞学特征基因组为线性单股正链的RNA（(+)ssRNA）病毒。

据世界卫生组织官网显示，目前全世界已经发现数百种新冠病毒的变种，迄今为止，最新出现的奥密克戎变异株BA.1、BA.2同时具有前4个“需要关注”的变异株一些重要氨基酸突变位点，包括细胞受体亲和力、病毒复制能力和免疫逃逸能力增强的位点。突变的叠加可能降低部分抗体药物对奥密克戎变异株的保护效力。根据英国和丹麦的研究，BA.2的传染性比最初的Omicron变种BA.1高出约30%，而且更容易引发严重疾病，BA.2需要更密切的关注，而现有技术还未存在检测奥密克戎变异株以及区分BA.1、BA.2的试剂。

因此，本领域需求一种能够准确检测奥密克戎变异株以及区分BA.1、BA.2的试剂，以便针对性采取防疫和治疗措施，使得应对更为效率。同时，检测所需时间短，灵敏度高。

发明内容

有鉴于此，第一方面，本发明提供了一种能够检测SARS-CoV-2奥密克戎变异株并分型的组合物，所述组合物同时包括：

第一核酸组合物：

如SEQ ID NO:1所示的突变G142D上游引物、如SEQ ID NO:2所示的突变G142D下游引物，和如SEQ ID NO:3所示的突变G142D探针；

第二核酸组合物：

如SEQ ID NO:4所示的突变G339D上游引物、如SEQ ID NO:5所示的突变G339D下游引物，和如SEQ ID NO:6所示的突变G339D探针；

第三核酸组合物：

如SEQ ID NO:7所示的突变L981F上游引物、如SEQ ID NO:8所示的突变L981F下游引物，和如SEQ ID NO:9所示的突变L981F探针；

如SEQ ID NO:10所示的突变S373P上游引物、如SEQ ID NO:11所示的突变S373P下游引物，和如SEQ ID NO:12所示的突变S373P探针；以及第四核酸组合物：

如SEQ ID NO:13所示的突变N969K上游引物、如SEQ ID NO:14所示的突变N969K下游引物，和如SEQ ID NO:15所示的突变N969K探针。