[发明专利]一种NK/T细胞淋巴瘤早期诊断和预后预测模型构建方法

说明书

本发明具体公开了一种NK/T细胞淋巴瘤早期诊断和预后预测模型构建方法，其包括以下步骤：步骤S1：筛选差异性ctDNA甲基化位点；步骤S2：ctDNA甲基化探针的筛选；步骤S3：NKTCL的ctDNA甲基化诊断模型的构建与验证；步骤S4：NKTCL的ctDNA甲基化预后模型的构建与验证。本发明的ctDNA甲基化检测具有无创、全面、动态和敏感的优势，只需要收集受试者的血标本进行检测，可解决目前基于基因组测序、单核苷酸多态性等分子模型需要大量组织切片、价格昂贵、临床应用行差等诸多不足，且可解决组织活检受取材类型和取材部位影响的不足；且甲基化检测灵敏度和动态监控价值更高；本ctDNA甲基化模型的建立对NKTCL个体化精准治疗方案的制定和分层治疗依据的完善十分重要。

技术领域

本发明涉及癌症风险评估技术领域，具体涉及一种NK/T细胞淋巴瘤早期诊断和预后预测模型构建方法。

背景技术

NK/T细胞淋巴瘤 (NKTCL)是非霍奇金淋巴瘤的一种亚型，世界范围内我国发病率最高。早期NKTCL患者5年生存率可达80%，明显优于晚期患者，因此早期诊断和早期治疗可极大降低NKTCL死亡率。NKTCL个体异质性强，当前预后评价系统多基于临床及病理特征，临床分期相同的患者常表现出明显的预后差异。开发有效且使用简单的检测手段，对于改善患者预后、指导精准治疗以节约医疗资源、减轻患者负担并减少患者治疗副反应等至关重要。

目前，有研究报道基于基因组测序、单核苷酸多态性的NKTCL分子模型，但分别存在需要大量组织切片、价格昂贵、无法反映肿瘤细胞突变等诸多不足；且由于NKTCL病变部位组织坏死明显，给NKTCL的明确诊断带来一定难度。

循环肿瘤DNA（ctDNA）·检测是通过无创/微创方式对非固体组织（主要是血液）肿瘤相关DNA的采样及分析，具有无创、全面、动态和敏感的优势。对比传统的ctDNA体细胞突变谱检测，ctDNA的甲基化水平检测具有以下优势：甲基化检测灵敏度和动态监控价值更高；可检测每个靶基因区域多个CpG甲基化位点；来源于同一类型肿瘤细胞ctDNA甲基化改变相对稳定。因此，ctDNA甲基化水平是更理想的肿瘤早诊指标。

1、目前，基于基因组测序、单核苷酸多态性等的NKTCL分子模型，分别存在需要大量组织切片、价格昂贵、无法反映肿瘤细胞突变等诸多不足。

2、传统针对ctDNA体细胞突变谱的检测，灵敏度和动态监控价值不足，无法检测单个靶基因的多个位点信息，且来源于同一类型肿瘤细胞ctDNA甲基化改变异质性较大。

3、NKTCL病变部位组织坏死明显，无法排除取材质量、检取材部位及肿瘤异质性的偏差；

4、目前尚无针对NKTCL的无创性早期诊断方式；且预后判断主要使用PINK、PINK-E、IPI等基于临床及病理特征的预后评价系统，无法解释差异性预后的根本原因。

发明内容

本发明提供一种NK/T细胞淋巴瘤早期诊断和预后预测模型构建方法用于解决上述背景技术中所存在的至少一个技术问题。

一种NK/T细胞淋巴瘤早期诊断和预后预测模型构建方法，其包括以下步骤：

步骤S1：筛选差异性ctDNA甲基化位点；

步骤S2：ctDNA甲基化探针的筛选；

步骤S3：NKTCL的ctDNA甲基化诊断模型的构建与验证；

步骤S4：NKTCL的ctDNA甲基化预后模型的构建与验证。

作为优选方案，步骤S1中，所述筛选差异性ctDNA甲基化位点的步骤包括：

S11：收集250-350例NKTCL患者和250-350例正常人的血浆标本；

S12：使用cfDNA提取试剂盒提取游离DNA，通过高通量全基因组甲基化测序进行全基因组ctDNA甲基化水平检测，建立约300万位点的甲基化文库；