[发明专利]基因数据处理方法、装置、计算机设备和存储介质

说明书

本申请涉及一种基因数据处理方法、装置、计算机设备、存储介质和计算机程序产品。所述方法包括：获取待处理基因数据；对所述待处理基因数据进行提取，得到所述获取待处理基因数据的纯合突变位点的信息；获取预先设置的筛选条件，根据所述筛选条件以及所述纯合突变位点的信息在所述待处理基因数据中筛选疑似污染位点；根据所述疑似污染位点计算所述待处理基因数据的污染率。采用本方法能够准确计算污染率，提高检测结果的可靠性。

技术领域

本申请涉及计算机技术领域，特别是涉及一种数据处理方法、装置、计算机设备、存储介质和计算机程序产品。

背景技术

在对肿瘤DNA样本高通量测序时，常常会因为各种原因导致样本被污染，例如切片过程中蜡块之间未清理刀片/毛刷/切片机、摊片机样本残留、病人有过输血或者器官移植以及实验人员操作失误等导致样本污染，这会直接导致检测结果不可靠。

发明内容

基于此，有必要针对上述技术问题，提供一种能够准确计算污染率，提高检测结果的可靠性的基因数据处理方法、装置、计算机设备、计算机可读存储介质和计算机程序产品。

第一方面，本申请提供了一种基因数据处理方法，该方法包括：

获取待处理基因数据；

对待处理基因数据进行提取，得到获取待处理基因数据的纯合突变位点的信息；

获取预先设置的筛选条件，根据筛选条件以及纯合突变位点的信息在待处理基因数据中筛选疑似污染位点；

根据疑似污染位点计算待处理基因数据的污染率。

在其中一个实施例中，上述根据筛选条件以及纯合突变位点的信息在待处理基因数据中筛选疑似污染位点包括：

根据筛选条件确定待处理基因数据中每一变异基因的类型；

根据变异基因的类型以及纯合突变位点的信息进行筛选，得到待处理基因数据中的每一变异基因的疑似污染位点。

在其中一个实施例中，上述根据疑似污染位点计算待处理基因数据的污染率之前，还包括：

对疑似污染位点进行过滤，选择差异大于预设阈值的每一个变异基因的疑似污染位点作为每一个变异基因的污染位点。

在其中一个实施例中，上述根据疑似污染位点计算待处理基因数据的污染率，包括：

根据每一变异基因的污染位点计算每一变异基因的污染率；

根据每一变异基因的污染率得到待处理基因数据的污染率。

在其中一个实施例中，上述获取待处理基因数据，包括：

获取待检测基因数据，对待检测基因数据进行格式转换，得到格式转换后的待检测基因数据；

对格式转换后的待检测基因数据进行去重，得到待处理基因数据。

在其中一个实施例中，上述对待处理基因数据进行提取，得到获取待处理基因数据的纯合突变位点的信息，包括：

当待处理基因数据包括对照组数据时，对对照组数据进行提取，得到待处理基因数据的纯合突变位点的信息。

在其中一个实施例中，上述对待处理基因数据进行提取，得到获取待处理基因数据的纯合突变位点的信息，还包括：

当待处理基因数据不包括对照组数据时，获取与待处理基因数据对应的预设基因数据库；

对预设基因数据库进行计算，得到待处理基因数据的纯合突变位点的信息。

第二方面，本申请还提供了一种基因数据处理装置，该装置包括：

数据获取模块，用于获取待处理基因数据；