[发明专利]一种群组染色体拷贝数变异检测方法及装置

说明书

本发明提供一种群组染色体拷贝数变异检测方法及装置，该方法包括：采集待测种群中各预设个体的DNA；根据各所述预设个体的DNA，在预设的若干个CNV区域中确定各所述预设个体的CNV异常区域；根据各所述预设个体的CNV异常区域的异常类型及位置，对各所述预设个体的CNV异常区域进行合并，并根据合并结果确定群组CNV的边界。本发明能够实现对群组CNV位置的检测，通过对群组CNV位置的检测，能够在采用检测CNV的方法进行种群检测或人类遗传疾病的检测的过程中，提供有效的数据参考，提高种群检测或人类遗传疾病检测的准确性。

技术领域

本发明涉及生物信息技术领域，尤其涉及一种群组染色体拷贝数变异检测方法及装置。

背景技术

拷贝数变异(Copy Number Variation，CNV)通常指与参考基因组相比，基因组上某段区域的可变拷贝数变化。CNV包含插入和删除，分别对应拷贝数增加和丢失。研究表明，拷贝数变异是人类基因组结构变异的重要来源，对人类遗传和进化有重要的影响，与种群多样性和人类遗传疾病有重要的关联，因此，通常采用检测CNV的方法进行种群检测或人类遗传疾病的检测。

群组CNV存在于一个种群的多个个体样本中，且大部分的群组CNV为一个种群中普遍存在的良性CNV，但并不是每个个体都存在群组CNV，在通过检测CNV的方法进行种群或人类遗传疾病检测的过程中，如无创产前筛查，群组CNV的出现会导致假阳(False Positive，FP)或假阴(False Negative，FN)样本的发生。因此，确定群组CNV的位置能够有效提高种群检测或人类遗传疾病检测的准确性。

近年来，多种检测CNV的方法不断发展出来，从传统的细胞遗传学方法(例如G带核型检测)，到微阵列检测方法(例如基于芯片的比较基因组杂合方法)，再到近些年的下一代测序技术方法(Next-Generation Sequencing，NGS)。然而，这些检测方法仅能检测单个样本中特定染色体区域的CNV，而常见的群组CNV可能同时出现在同一种群中不同个体的相同基因组位置，因此，现有方法并无法进行群组CNV的检测，从而无法保证种群或人类遗传疾病检测结果的准确性。因此，对群组CNV的位置进行检测是目前业界亟待解决的重要课题。

发明内容

本发明提供一种群组染色体拷贝数变异检测方法及装置，用以解决现有技术中仅能对单个样本中的CNV进行检测的缺陷，实现对群组CNV位置的检测。

本发明提供一种群组染色体拷贝数变异检测方法，包括：

采集待测种群中各预设个体的DNA；

根据各所述预设个体的DNA，在预设的若干个CNV区域中确定各所述预设个体的CNV异常区域；

根据各所述预设个体的CNV异常区域的异常类型及位置，对各所述预设个体的CNV异常区域进行合并，并根据合并结果确定群组CNV的边界。

根据本发明提供的一种群组染色体拷贝数变异检测方法，所述根据各所述预设个体的DNA，确定各所述预设个体的CNV异常区域，包括：

对各所述预设个体的DNA进行测序，得到各所述预设个体的若干个短读序列；

根据各所述预设个体在每个所述CNV区域中的所述短读序列的数量，确定各所述预设个体的CNV异常区域。

根据本发明提供的一种群组染色体拷贝数变异检测方法，所述根据各所述预设个体在每个所述CNV区域中的所述短读序列的数量，确定各所述预设个体的CNV异常区域，包括：

将各所述预设个体的各染色体均划分为若干个大小相等的滑窗，并计算各所述滑窗中的所述短读序列的数量，记为第一读段数；

对于各所述预设个体，根据分布在所述CNV区域的各所述滑窗的所述第一读段数的均值，得到各所述预设个体在所述CNV区域的杂合比，并记为第一杂合比；