[发明专利]一种群组染色体拷贝数变异检测方法及装置

权利要求书

1.一种群组染色体拷贝数变异检测方法，其特征在于，包括：

采集待测种群中各预设个体的DNA；

根据各所述预设个体的DNA，在预设的若干个CNV区域中确定各所述预设个体的CNV异常区域；所述确定各所述预设个体的CNV异常区域，包括：对各所述预设个体的DNA进行测序，得到各所述预设个体的若干个短读序列；将各所述预设个体的各染色体均划分为若干个大小相等的滑窗，并计算各所述滑窗中的所述短读序列的数量，记为第一读段数；对于各所述预设个体，对分布在所述CNV区域的各所述滑窗的所述第一读段数进行标准化处理，根据所述第一读段数的标准化处理结果，计算分布在所述CNV区域的各所述滑窗的所述第一读段数的均值，得到各所述预设个体在所述CNV区域的杂合比，并记为第一杂合比；获取参考集在每个所述CNV区域的杂合比，记为第二杂合比；根据所述第一杂合比与相应的所述第二杂合比的大小关系，确定各所述预设个体的CNV异常区域；其中，将分布在所述CNV区域的各所述滑窗的所述第一读段数与对应的所述预设个体的标准化因子相乘，以进行所述标准化处理；所述预设个体的标准化因子的计算包括：计算所述参考集中各样本的所有常染色体的滑窗中短读序列数量的均值，并记为第二读段数；计算所述预设个体的所有常染色体的滑窗中短读序列数量的均值，并记为第三读段数；计算所述第二读段数与所述第三读段数的比值，以得到所述预设个体的标准化因子；

根据各所述预设个体的CNV异常区域的异常类型及位置，对各所述预设个体的CNV异常区域进行合并，并根据合并结果确定群组CNV的边界。

2.根据权利要求1所述的一种群组染色体拷贝数变异检测方法，其特征在于，所述计算各所述滑窗中的所述短读序列的数量，包括：

将各所述短读序列分别与预设参考基因组序列进行比对，得到各所述短读序列在所述染色体上的位置；

根据各所述短读序列在所述染色体上的位置，计算各所述滑窗中的所述短读序列的数量。

3.根据权利要求1所述的一种群组染色体拷贝数变异检测方法，其特征在于，所述根据各所述预设个体的CNV异常区域的异常类型及位置，对各所述预设个体的CNV异常区域进行合并，包括：

根据各所述预设个体的CNV异常区域的异常类型及位置，对各所述预设个体中异常类型相同，且间隔距离小于或等于预设间距的所述CNV异常区域进行合并。

4.根据权利要求1所述的一种群组染色体拷贝数变异检测方法，其特征在于，所述根据合并结果确定群组CNV的边界，包括：

根据各所述预设个体的CNV异常区域的合并结果，确定所述群组CNV的初始边界；

对所述群组CNV的初始边界进行扩展，得到若干组扩展边界；

分别计算各所述扩展边界所确定的群组CNV的变异度，根据所述变异度确定所述群组CNV的最终边界；其中，所述变异度为相应的所述扩展边界所确定的群组CNV的Z值的绝对值；所述Z值的计算为：

；

式中，Sample hh为所述预设个体在所述群组CNV的杂合比；Reference hh为参考集中各样本在所述群组CNV的杂合比的均值；SD为参考集中各样本在所述群组CNV的杂合比的标准差。

5.根据权利要求4所述的一种群组染色体拷贝数变异检测方法，其特征在于，所述根据各所述预设个体的CNV异常区域的合并结果，确定所述群组CNV的初始边界，包括：

根据合并为所述群组CNV的各所述CNV异常区域的最小位置和最大位置，确定所述群组CNV的初始边界。

6.根据权利要求4所述的一种群组染色体拷贝数变异检测方法，其特征在于，所述对所述群组CNV的初始边界进行扩展，得到若干组扩展边界，包括：

将所述初始边界的第一端和/或第二端扩展若干个单位长度，得到所述初始边界的第一端的若干个第一扩展边界值，和/或所述初始边界的第二端的若干个第二扩展边界值；

根据若干个所述第一扩展边界值和/或若干个所述第二扩展边界值，得到若干组所述扩展边界。