[发明专利]一种高效低成本鉴定转基因元件插入位点的方法及其应用

权利要求书

1.一种高效低成本鉴定转基因元件插入位点的方法，其特征在于，包括如下步骤：

S1、提取转基因阳性样本全基因组，然后加入Tn5转座酶进行打断建库，得到第一混合物；

S2、采用带有barcode序列的引物，经PCR扩增所述第一混合物，得到带有不同barcode序列的第二混合物；

S3、纯化所述带有不同barcode序列的第二混合物，然后将纯化后的第二混合物均一混合后，进行高通量测序；

S4、对高通量测序数据进行数据分析，鉴定获得转基因元件的插入位点信息。

2.如权利要求1所述的高效低成本鉴定转基因元件插入位点的方法，其特征在于，步骤S1中，在所述Tn5转座酶打断建库的过程中，添加接头序列，使打断后的基因组的两侧分别加上接头。

3.如权利要求2所述的高效低成本鉴定转基因元件插入位点的方法，其特征在于，所述接头序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。

4.如权利要求2所述的高效低成本鉴定转基因元件插入位点的方法，其特征在于，步骤S2具体包括如下步骤：

S21、根据打断后的基因组的两侧的接头序列，设计带有barcode序列的AD1引物；

S22、根据转基因阳性样本中的转基因序列，设计2个特异性引物；

S23、以AD1引物序列分别与2个特异性引物进行两轮PCR扩增反应，即可得到带有不同barcode序列的第二混合物。

5.如权利要求4所述的高效低成本鉴定转基因元件插入位点的方法，其特征在于，步骤S21中，所述AD1引物序列如SEQ ID NO.3所示。

6.如权利要求4所述的高效低成本鉴定转基因元件插入位点的方法，其特征在于，步骤S22中，所述2个特异性引物序列如SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示，并且所述2个特异性引物在转基因序列中的相对距离为100～200bp。

7.如权利要求1所述的高效低成本鉴定转基因元件插入位点的方法，其特征在于，步骤S3中，所述高通量测序选用PCR-free建库和PE150测序模式。

8.如权利要求1所述的高效低成本鉴定转基因元件插入位点的方法，其特征在于，步骤S4具体包括如下步骤：

S41、将通过高通量测序获得的reads序列与目标转基因元件序列进行blastn比对，提取出具有相似性的序列；

S42、根据比对情况，从所述具有相似性的序列中提取出只有部分比对到载体序列的reads序列；

S43、提取只有部分比对到载体序列的reads序列，进行全基因比对分析，即可鉴定获得转基因元件的插入位点信息和/或拷贝数信息。

9.权利要求1～8任一项所述的高效低成本鉴定转基因元件插入位点的方法在快速鉴定转基因元件插入基因组位点中的应用。

10.如权利要求9所述的应用，其特征在于，所述基因组为动物基因组、植物基因组和微生物基因组中的一种。