[发明专利]基于多重荧光定量ARMS-PCR技术的新冠病毒奥密克戎突变序列检测技术及其应用

说明书

本发明提供一种基于多重荧光定量ARMS‑PCR技术的新冠病毒奥密克戎（Omicron）突变序列检测技术及其应用。本发明主要基于荧光定量ARMS‑PCR技术针对目前奥密克戎（Omicron）变异株S基因特异性突变类型，如序列位置23599，序列变化TG、序列位置23048，序列变化GA、序列位置23202，序列变化CA、序列位置22898，序列变化GA进行单管或多管多重检测。其试剂盒可以很好的鉴别目前流行的新冠病毒奥密克戎株新的关键突变且特异性好，对新冠病毒（奥密克戎）突变监测具有十分积极的意义。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别是涉及基于多重荧光定量ARMS-PCR技术的新冠病毒奥密克戎核酸突变类型检测技术及其应用。

背景技术

自2019年12月起爆发的新型呼吸系统疾病，截止2021年1月中旬已在全球确诊超过九千万例，主要临床症状表现为发热、乏力、干咳。经分离鉴定，确认其病原为一种新型冠状病毒，国际病毒分类学委员会将其命名为“SARS-CoV-2”。这是目前在人体中发现的第七种冠状病毒，之前主要有6种，其中229E，OC43，NL63，HKU1四种致病性较轻，可引起轻微呼吸道疾病，其余两种SARS冠状病毒和MERS冠状病毒，可引起严重呼吸道疾病。

由于新冠肺炎疫情全球持续爆发以及RNA病毒更容易在复制过程中突变，新冠病毒突变位点不断出现，相继出现Alpha、Beta、Gamma、Delta等世卫组织关注变异株。这对疫苗的预防效果和病毒监测都带来了一定的风险。近日在南非发现了一快速传播的SARS-CoV-2冠状病毒新变种。在这一变种中发现了超出之前所有变种株所含突变的大量关键突变。受到全球广泛关注，世卫组织将这种变种命名为Omicron。该变种的直接参与感染人体细胞的关键蛋白-刺突蛋白突变有已发现的变异突变有32处，而在去年10月报告发现的德尔塔变异株仅有15处突变。刺突蛋白突变的32个，与Delta和Alpha变异毒株有多处重合，因此，该突变株可能有复制能力增强的特征。其RBD具有K417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484A、Q493R、G496S、Q498R、N501Y、Y505H、T547K等突变，是RBD突变最多的突变株，可能会影响抗体识别和疫苗接种。Furin切割位点附近有H655Y、N679K、P681H突变，可能增强病毒复制能力和感染力。其中涉及S蛋白功能的446GS、547TK、496GS、679NK关键性新发突变尤为重要。针对新冠病毒检测阳性的病例，确认是否属于新冠病毒奥密克戎突变株及是否具有这四种关键突变类型，对于病毒监测具有重要意义。

多种荧光定量ARMS-PCR检测技术融汇了ARMS-PCR的灵敏性、DNA杂交的特异性、同一管多重或多管快速检测的优点，是目前临床检验中认同程度很高的一种检测技术，已广泛应用于科学研究和临床检测。但目前已上市产品中绝大多数为普通新冠病毒检测产品，没有涉及新冠奥密克戎病毒及新突变类型技术产品。

发明内容

鉴于以上所述现有技术的缺点，本发明的目的在于提供一种基于荧光定量ARMS-PCR技术的新冠病毒(奥密克戎)核酸突变基因类型检测技术及其应用。

本发明一方面提供了一种用于检测新冠病毒奥密克戎病毒株核酸S基因突变类型的试剂盒，所述试剂盒包括以下引物和探针组中的任一种或几种，其中每组中的引物都包含正向引物和反向引物，每个所述探针的两端分别标记有荧光报告基团/荧光淬灭基团：

a.用于检测S基因突变类型：序列位置23599，序列变化TG的引物和探针；其中正向引物的核苷酸序列如：SEQ ID No.1所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，其中探针的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示；

b.用于检测S基因突变类型：序列位置23048，序列变化GA的引物和探针；其中正向引物的核苷酸序列如：SEQ ID No.4所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示，其中探针的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示；