[发明专利]用于微卫星稳定性状态检测的标志物、应用、方法及装置

说明书

本发明涉及一种用于微卫星稳定性状态检测的标志物、应用、方法及装置。该用于微卫星稳定性状态检测的标志物、应用、方法及装置，所采用的的标志物分布于18条染色体中，扩展了组织的微卫星稳定性状态的检测范围，可以以高灵敏度和高特异性判断组织样本中微卫星稳定性状态，在大样本量的情况下，能够快速且准确地指示待测组织的微卫星稳定性状态。

技术领域

本发明涉及生物信息领域，特别是涉及一种用于微卫星稳定性状态检测的标志物、应用、方法及装置。

背景技术

微卫星(Microsatellite，MS)是指广泛分布在真核基因组中的简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSRs)，又被称作短串联重复序列(Short Tandem Repeats，STRs)，由1～6个核苷酸的串联重复片段构成，由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富，因此微卫星的应用非常广泛。

微卫星不稳定(Microsatellite Instability，MSI)是指与正常组织相比，在肿瘤中某一微卫星由于重复单位的插入或缺失而造成的微卫星长度的任何改变，出现新的微卫星等位基因现象。其发生机制主要包括DNA多聚酶的滑动导致重复序列中一个或多个碱基的错配和微卫星重组以及错配修复(Mismatch repair,MMR)功能缺陷导致碱基对的缺失或插入。微卫星高度不稳定(MSI-H)指不稳定的微卫星区域超过一定比例。

微卫星稳定性状态已经被证实与免疫治疗的疗效相关，它是预测晚期肿瘤是否适合免疫检查点抑制剂治疗的其中一项重要指标。临床研究结果显示，Pembrolizumab用于治疗MSI-H的晚期肿瘤患者，患者的客观缓解率(objective response rate，ORR)高达54％。

传统的微卫星稳定性状态检测的金标准是PCR法与毛细管电泳法相结合，检测核心STR，然而，该方法通量低，检测位点少，难以实现大样本量的快速且准确的检测。

发明内容

基于此，有必要提供一种用于微卫星稳定性状态检测的标志物、应用、方法及装置，以实现对大量样本的微卫星稳定性状态的快速且准确的检测。

一种用于微卫星稳定性状态检测的标志物，包括APBA3、APC、ATM、BCL2L11、BLM、BMPR1A、BRAF、BRCA2、CBR3-AS1、DDR2、ERBB3、FGFR2、FGFR3、GNA11、GNAQ、LOC346329、MET、MITF、MLH1、MSH2、MSH6、NF1P1、NF1P2、PIK3CA、PMS2、PMS2CL、POLD1、POLE、PTEN、PTK2、PTPN11、RAD51B、RB1、RET、SDHC、SMAD2、SMAD4和TPMT基因中的至少一种。

此外还提供一种上述标志物在制备用于微卫星稳定性状态检测的试剂或试剂盒中的应用，一种用于微卫星稳定性状态检测的方法，一种用于微卫星稳定性状态检测的装置，一种计算机设备和一种计算机存储介质。

在其中一个实施例中，上述试剂或试剂盒包括根据上述标志物设计的探针和/或引物。

在其中一个实施例中，上述试剂或试剂盒用于检测肿瘤组织的微卫星稳定性状态。

在其中一个实施例中，上述肿瘤组织包括直肠癌组织、胃癌组织或子宫颈癌组织。

一种用于微卫星稳定性状态检测的方法，包括以下步骤：

获取待测样本中的标志物对应的所有目标片段的测序数据；

分析测序数据中目标位点中的微卫星不稳定位点的占比，将该占比与给定阈值比较确定待测样本的微卫星稳定性状态。

一种用于微卫星稳定性状态检测的装置，包括：

数据获取模块，用于获取待测样本中的标志物对应的所有目标片段的测序数据；