[发明专利]一种鉴定葡萄果实无核的主效QTL位点的SSR分子标记开发和应用

说明书

本发明涉及葡萄分子育种领域，具体涉及鉴定葡萄果实无核的主效QTL位点的SSR分子标记开发和应用，本技术方案利用特定的筛选方法筛选出新的SSR分子标记P1_VvMETK5，并将其应用在鉴定葡萄果实无核中。上述技术方案中提供的鉴定葡萄果实无核主效QTL位点，该位点的贡献率为78.95％，基于该位点筛选到了连锁的SSR新分子标记P1_VvMETK5，该标记在有核和无核品种中只扩增出aa/ab和AA/AB两种基因型，在自然群体中无核性状ab杂合基因型解释率为57.70％，有核性状AA基因型解释率为78.95％。

技术领域

本发明涉及葡萄分子育种技术领域，具体涉及一种鉴定葡萄果实无核的主效QTL位点的SSR分子标记开发和应用。

背景技术

葡萄是多年生落叶木质藤本植物。随着葡萄品种的不断更新，无核葡萄因具有丰产、优质、食用方便等优点，在鲜食和制干葡萄市场中占有重要地位，也是目前葡萄育种的重要发展方向。当前无核葡萄的育种方法有：常规杂交育种、芽变选种、多倍体育种、胚挽救育种和分子标记辅助选择育种。分子标记辅助选择因不受发育阶段、外界环境及组织特异性的影响，可以高效的在幼苗期进行检测，克服杂交育种周期长的缺点，提高育种效率。

目前，研究人员已开发出一系列的无核分子标记，包括SCAR标记SCC8、SCF27、SCP18、39970524-5、39970524-6；SSR标记VMC7F2、P1_VvAGL11、P2_VvAGL11、P3_VvAGL11、VvSD10(申请号为201711115462.8的中国发明专利)以及探针GSLP1，但其在不同类型无核葡萄及不同群体中的鉴定效率不同，通用性不高。

基于此，筛选高效无核分子标记，开发新的用于鉴定葡萄无核性状的分子标记至关重要。

发明内容

本发明的目的是提供一种鉴定葡萄果实无核主效QTL位点的SSR分子标记及其应用，能有效解决现有无核分子标记在不同类型无核葡萄及不同群体中的鉴定效率不同、通用性不高的问题。

为解决上述技术问题，本发明采用了以下技术方案：

一种鉴定葡萄果实无核的主效QTL位点的SSR分子标记引物序列，所述SSR分子标记为P1_VvMETK5，且SSR分子标记的引物对的正向引物序列为：5’-GGATCTGGTTGTTGTCAGCA-3’，

反向引物序列为：3’-CGAAGTATCACTCCAGAAACG-5’。

同时提供了上述鉴定葡萄果实无核的主效QTL位点的SSR分子标记的开发方法，包括以下步骤：

S1.根据已统计的无核分子标记的序列，筛选无核分子标记附近1Kb范围内的基因；

S2.利用赤霉素和清水处理的种子/核区的转录组数据，并对赤霉素和清水处理种子各个阶段的差异表达基因进行聚类分析；

S3.筛选到与无核基因VvAGL11表达趋势相似的若干基因，将筛选到的基因与无核分子标记附近1Kb范围内的基因进行比对，鉴定到一个无核候选基因VvMETK5；

S4.对比赤霉素和清水处理的测序数据中VvMETK5基因启动子上的SSR位点发现在(A)14的SSR位点与VvMETK5基因启动子之间存在20bp的差异序列，基于此序列，筛选出新分子标记P1_VvMETK5。

同时还提供了上述鉴定葡萄果实无核的主效QTL位点的SSR分子标记的应用，其是利用上述SSR分子标记鉴定葡萄果实无核的；包括以下步骤：

用所述引物对扩增待检测葡萄样本和有核、无核对照样本的全基因组DNA，扩增产物后进行电泳检测，若扩增产物的电泳条带与开发预测的P1_VvMETK5标记条带一致，则代表待检测葡萄样本为无核品种。